由於系統性紅斑狼瘡的病因不明，目前尚沒有特效藥，而且各患者的具體表現不一樣，故治療應個體化。下面介紹幾種常用於治療系統性紅斑狼瘡的藥物：
1、非甾體抗炎藥：常見的雙氯芬酸、塞來昔布、布洛芬、芬必得、消炎痛、扶他林等都屬於此類藥，用於發熱、關節腫痛、肌肉痛等症狀的對症治療。
2、糖皮質激素：此藥仍是治療系統性紅斑狼瘡的主要藥物，目前常用藥為：強的鬆（5mg/片），甲潑尼龍（4mg/片）。激素藥適用於急性活動性病例，特別是急性爆發性狼瘡、急性狼瘡性腎炎、急性中樞神經系統狼瘡及合併嚴重的貧血、白細胞及血小板減少。但必須強調一定要在控制疾病活動的情況下儘量減少用量，但不能突然停藥，以免病情加重。
3、抗瘧藥：主要有氯喹和羥基氯喹，對於控制面板損害（蝶型紅斑、盤狀紅斑）、光過敏、關節炎很有效，但起效慢，需較長時間服藥才見效。
4、免疫抑制劑：對於單純使用糖皮質激素不能控制病情的患者，及有較嚴重的腎損害、神經系統損害的患者均應考慮應用免疫抑制劑。目前最常用的是環磷醯胺，其副作用有骨髓抑制、降低免疫功能、性腺抑制等，所以用藥時注意複查肝功和血常規。其他可選擇的免疫抑制劑有硫唑嘌呤、甲氨喋呤等。
5、中醫藥治療：中西醫結合治療有利於提高療效，臨床應用較多的傳統中成藥有雷公藤，應在醫生指導下使用。服用中藥期間不能擅自停用激素，以免加重病情。
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