早診早治，預防為主，減輕炎症反應，防止肉芽形成及抑制介質活性是該病的早期治療原則。如到晚期病情仍未控制，嚴重影響關節功能，只能藉助手術方法切除區域性的骨化。
1、藥物
（1）非甾體類抗炎藥：
可用於預防以及治療。可能機制：制止炎症組織痛覺神經衝動的形成，起到抑制炎性反應及止痛作用，包括抑制溶酶體酶的釋放及白細胞的趨化；通過對環氧合酶的抑制而減少前列腺素的合成，從而抑制了前列腺素促進間質細胞的增生和擴張血管作用；能抑制間充質幹細胞的增殖與遷移，阻斷向成骨細胞的分化。常見的有塞來西布、吲哚美辛、消炎痛、布洛芬、阿斯匹林等。
（2)二磷酸鹽：
可用於預防及治療。它是內源性焦磷酸鹽類似物，與羥磷灰石有很強的親和力，阻止磷酸鹽晶體的溶解和生長。此外，二磷酸鹽起到抗炎作用還可以調節免疫，其機制可能是干擾促炎症因子如II-6，IL-1等。二磷酸鹽的主要副作用是長期使用可導致骨質軟化，且它只是抑制骨基質礦化，而非抑制骨基質形成，一旦停藥，己形成的骨基質可繼續礦化，形成“反跳性骨化”，因此對二磷酸鹽的使用仍存在很大的爭議。代表性藥物為依替麟酸二鈉、阿侖膦酸鈉、帕迷磷酸鈉等。
（3）中藥治療：
異位骨化在祖國醫學屬於癖血痺範疇，機制為外傷停癖，血氣凝結，癖血蘊結肌肉組織，日久形成包塊硬結，痺阻經脈。治療以軟堅散結、活血化癖、舒筋活絡、祛風除溼、通利關節和消腫止痛為原則。如藥物薰洗及血栓通聯合川芎嗪、外敷通絡止痛酊等。
（4）鈣離子拮抗劑：
骨化性肌炎如身體其他硬化(如動脈粥樣硬化)有相似之處，形成於細胞、組織，由炎症和外傷引起的損傷後的一種病態的癒合。巨噬細胞在器官的硬化中佔有重要的地位，在抗原呈遞、炎症形成、創口癒合、組織破壞、癱痕增生等過程中發揮關鍵調節作用。有文獻研究報道，區域性使用鈣離子拮抗劑可抑制巨噬細胞的分泌和趨化活動，進而抑制BMP-2的表達，從而減少區域性鈣的沉積，起到治療骨化性肌炎的作用。已有不少關於鈣離子拮抗劑能夠通過抑制區域性鈣積聚等減緩動脈粥樣硬化的發展的報道，可見鈣離子拮抗劑的確有類似抑制硬化的作用。如地爾硫卓，既有望應用於骨化性肌炎的治療。但其有負性傳導、負性肌力及降壓作用，如有相關藥物的禁忌，不可應用此藥。
（5）激素治療：
骨化性肌炎也可有區域性或關節組織的紅、腫、熱、痛，酷似急性風溼病。可考慮應用激素治療，需要強調的是在應用激素期間，做好補鉀、補鈣、保肝、保護胃黏膜，預防真菌感染等治療。但目前應用激素治療骨化性肌炎的相關報道較少，有待於進一步研究。
2、物理療法
(1）運動療法
有持續性被動活動訓練、關節鬆動術、肌力訓練、牽伸技術及簡易器械訓練等。有報道稱如CPM等被動運動，在不加重病情的前提下，可維持骨化性肌炎的關節活動度。也可在專業醫師指導下患者可進行主動活動、藉助彈力繃帶訓練等治療。骨化性肌炎一旦出現尤其是處於活動期的時候，既區域性紅、腫、熱、痛及活動障礙時，則不應過度進行過度的功能活動。如上述區域性症狀不明顯，則應在疼痛可忍受範圍內鍛鍊，以保持一定的關節活動和功能。
（2）理療
有超短波、微波、磁療、鐳射、超聲波及電療等，但有報道稱上述治療應用在早期可加重血腫，使病情加重，所以理療的應用關鍵在於掌握應用的時機，可藉助超聲檢查，判斷處於哪一期，選擇適當的理療方法和部位較為關鍵。因此在何時選擇何種理療方法應用於何部位可進一步深入研究。
3、手術治療
手術主要切除骨化組織及CT上顯示的周邊低密度區，以改善和恢復關節的功能，切除時應切除骨化塊和連同的薄層正常肌肉，徹底的止血。術後應石膏固定1-3周。但術後仍有復發的案例。
骨化性肌炎是一種自限性疾病，避免及減輕損傷後血腫的形成、清除血腫、避免多次的骨膜損傷、避免強制的被動活動是預防的重要原則。
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