世界上任何事物都具有兩面性，顱腦伽瑪刀也不例外。顱腦伽瑪刀除了具有眾多優點外，伽瑪刀治療和開顱手術相比也有自身的一些不足和缺點，這些不足和缺點主要是由它治療的機理和特點所決定的。主要表現在以下幾方面：
（1）療效產生緩慢：筆者認為這樣理解顱腦伽瑪刀治療更為恰當：伽瑪刀治療的結束，並不是疾病治療的結束，而是疾病治療的開始。這是因為伽瑪刀治療後，其靶區組織（病變）放射生物學效應可持續2~3年甚至更長的時間，除了極個別病種療效產生相對較快外，其餘大部分疾病療效產生都比較緩慢。伽瑪刀真正治療時間只需一小時左右，治療後第二天便可出院，患者療效產生、病情觀察、康復期主要是在家裡完成的。這就需要病人在接受伽瑪刀治療後至少在未來的三年時間內密切觀察病情變化，定期到醫院複查，瞭解病變的變化情況，耐心等待療效的產生。
（2）不能用於急救：因為伽瑪刀療效產生緩慢，故不能用於急救。這也決定了伽瑪刀在治療腦腫瘤方面只適用於尚未引起顱內壓明顯增高的患者。而急救正是開顱手術的特長，可以很快切除或者部分切除腫瘤，解除佔位效應，降低顱內壓，起到立竿見影的效果，從而達到急救的目的。
（3）醫生的感覺沒有開顱手術那樣真切：開顱手術主刀醫生是整個手術的核心，手術的每一步醫生都非常的主動，需要隨時處理手術中出現的問題。腫瘤切除乾淨與否？切除了多少？甚至可能出現什麼後果等主刀醫生的心裡都比較清楚。而伽瑪刀醫生則不同，除了醫生需要準確把握個體病人的不同點進行治療外，顱腦伽瑪刀治療過程比較程式化、自動化、規範化。整個治療過程都是按要求來進行的，醫生的操作治療水平主要表現在適應症的選擇和治療計劃的制定上，然後通過機器來實施，挑戰性相對較小，不象外科手術那樣真切和更具有挑戰性。治療結束後伽瑪刀醫生不能象外科手術那樣很快就能大致判斷出治療的效果，只能通過以後的複查來加以判斷和評價。
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