儘管顱腦伽瑪刀治療與開顱手術相比具有較多的優點，但要完全代替開顱手術是不可能的。顱腦本身的特殊性決定了伽瑪刀手術需要比較嚴格的適應症，所以我們只能說顱腦伽瑪刀可以選擇性地代替部分開顱手術，不存在也不可能全部代替外科開顱手術。
這需要我們用科學的觀點，不帶偏見去正確認識、掌握和評價相關治療技術和方法。我認為正確的認識應該是顱腦伽瑪刀作為一種成熟的顱腦疾病治療手段，已經和傳統開顱手術、顯微神經外科手術、血管內介入手術、腦立體定向手術等一道在神經外科發揮著越來越重要的作用，是神經外科重要的治療手段之一，為顱腦疾病提供了一種可供臨床選擇的治療方法。廣
顱腦伽瑪刀在臨床的成功應用，特別是療效的肯定，在不知不覺中也給開顱手術的一些觀念和思路帶來影響和改變。在以前，腦腫瘤的手術比較強調腫瘤全切除，特別是顱內良性腫瘤，只有腫瘤全切病人才有可能治癒或者提高患者的生存期。這樣的觀念無形中就把腫瘤是否全切作為衡量一名神經外科醫生手術水平高低的標準。但是這樣過分追求的結果有時是以患者的生命或者重要功能損害作為代價的，無疑增加了死亡率和病殘率的風險，嚴重影響患者的生存質量。比如聽神經瘤的外科手術，如果損傷面神經，患者術後口角歪斜、流涎，一側眼瞼不能閉合等，患者面容遭到極度破壞，對患者身心健康造成嚴重的摧殘，嚴重影響患者的生活質量。現在這樣嚴重的功能障礙在臨床已經比較少見了，因為開顱手術的目的，特別是位於重要功能區的良性腫瘤，已經沒有必要再冒生命或者重要功能損害的風險去過份強調腫瘤的全切，而是在保證生命和功能完好的前提下儘量切除腫瘤，儘量減小腫瘤的體積，術後再由顱腦伽瑪刀治療腫瘤殘留。這樣開顱手術和伽瑪刀治療相互配合協同，一方面提高了疾病的整體療效，另一方面降低了手術的死亡率和病殘率，從而提高了患者的生存質量。可以這樣說，現在外科手術本身已經更為以人為本、以功能為本、以生命為本，而這一手術觀念和思路的改變部分原因是與顱腦伽瑪刀分不的。
隨著顱腦伽瑪刀醫生對立體定向放射外科理解越來越深刻，治療經驗越來越豐富，適應症掌握越來越準確，現在顱腦伽瑪刀治療和開顱手術已經配合的相當緊密和協調，在臨床發揮著各自的優勢和作用。
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