傳統的腫瘤解剖病理分期 （如TNM分期，包括腫瘤大小、淋巴結轉移數目、遠處轉移情況）對於預測腫瘤的復發轉移價值不可低估，是臨床上較成熟的風險評估指標。但由於乳腺癌是一種異質性腫瘤，其在組織形態、免疫表型、生物學行為及治療反應上存在著極大的差異，傳統病理TNM分期相同的患者對臨床治療的反應及預後可能會有很大差別。近年來，基於DNA微陣列技術和多基因RT-PCR定量檢測的方法對乳腺癌進行的分子分型來預測乳腺癌的復發轉移風險及其對治療的反應，目前常將基因晶片技術的分子亞型和免疫組織化學結合起來，臨床上通常應用ER、PR、HER-2 及Ki-67可將乳腺癌劃分為4類分子亞型（見附表）。 由於不同分子亞型乳腺癌的臨床治療反應和生存截然不同，研究乳腺癌分子標誌及分子分型對於指導臨床治療與判斷預後有重要意義。比如臨床上比較棘手處理的“三陰乳腺癌”（指ER、PR及HER-2均陰性；Triple-negative breast cancer）的乳腺癌，相當於分子分型的Basal-like型分子表達（特徵為基底上皮分子標誌物高表達（CK5/6或17，EGFR）以及ER或ER相關基因及HER-2或HER-2相關基因低表達），約佔全部乳腺癌的10％～15％。三陰乳腺癌5年生存率不到15％，臨床上往往作為一種預後差的乳腺癌型別代表。三陰乳腺癌多見於絕經前年輕患者，內臟轉移、腦轉移機率較高，病理組織學分級較差，多為3級，細胞增殖比例較高，且多伴p53突變，p53、EGFR表達多為陽性，基底細胞標誌物CK5/6、CK17也多為陽性。三陰乳腺癌預後與腫瘤大小和淋巴結狀況關係不大，復發迅速，1-3年是復發高峰，5年內是死亡高峰，腦轉移發生率高，迅速出現遠處轉移而導致死亡。“三陰乳腺癌”內分泌治療和曲妥珠單抗（Herceptin）靶向治療無效，治療上依靠化療為主，化療敏感性差並容易產生耐藥。
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