IC的典型臨床表現包括尿頻(每日≥8次)、尿急、膀胱充盈時感覺疼痛以及排尿後疼痛緩解。在進行體格檢查時，患者的陰道前壁和膀胱底部可出現壓痛。由於該病患者所表現出的症狀缺乏特異性，而且病情嚴重程度各不相同，因此醫生很難做出診斷。
診斷主要是憑藉其臨床經驗以及間質性膀胱炎資料庫中的研究結果。目前不主張採用NIDDK制定的嚴格標準。臨床上有必要常規進行尿培養和細胞學檢查，以排除感染或惡性腫瘤的可能性。同時，還需排除輸尿管結石、膀胱結石、生殖器活動性皰疹、輸尿管憩室、化學性膀胱炎(環磷醯胺)、放射性膀胱炎以及陰道炎(衣原體、支原體)等其他診斷。如果懷疑IC，應採用其他檢查來幫助明確診斷，其中包括麻醉下膀胱鏡檢和膀胱水擴張、尿動力學檢查、鉀敏感性檢查、尿檢、膀胱活檢等。
A、膀胱鏡檢及膀胱水擴張
在麻醉下行膀胱鏡檢不僅患者痛苦小，而且可充分了解膀胱及輸尿管的情況。而膀胱水擴張則要求在80―100cm垂直水壓下將液體注入膀胱中，直至流速減慢，最終停止。膀胱鏡周邊的尿道受壓，這可防止液體外流，確保膀胱容量測定的準確性。
NIDDK規定，膀胱擴張需維持1-2min，但有人曾報告說應進行2次膀胱擴張或將擴張時間延長至10min。在壓力解除時，可用膀胱鏡檢查是否出現腎絲球狀出血。它是指粘膜下微血管末端的點狀出血，絕大多數IC患者在行膀胱鏡檢時都能見到這一現象。
腎絲球狀出血是彌散的，至少分佈於膀胱的三個象限以上。擴張後可見到粘膜皺襞出血，提示患者存在典型的IC或潰瘍型IC。儘管有報告顯示，正常女性在接受輸卵管結紮時也會出現腎絲球狀出血，但後者對於有症狀的患者而言仍不失為一種有效地診斷指標。此外，膀胱水擴張還可用於對20％-30％的患者進行治療。
B、尿動力學檢查
目前並不建議IC患者常規接受尿動力學檢查，但是某些尿動力學檢查結果有助於排除IC診斷，其中包括最初有排尿感時膀胱容量>150cc，膀胱最大容量>350cc，在預先測定基線排尿狀況時未出現夜尿。
據(ICDB)統計，~14％的IC患者會出現膀胱不自主收縮，因此臨床上不能排除IC的診斷。可是，NIDDK出於研究目的給IC下的定義過於嚴格，他們將患者出現膀胱不自主收縮視為IC的排除標準。“
C、鉀敏感性試驗進
行氯化鉀試驗(KCl試驗)有一前提，即膀胱上皮通透性失調是引發IC症狀的根本因素。泌尿系統上皮通透性增加使得鉀能夠滲入膀胱粘膜下層和肌肉層，導致神經發生去極化，隨即出現神經源性炎症。KCl試驗是由Parsons提出來的，這一激發試驗欲藉助上皮通透性失調來明確IC患者。進行實驗時，要將稀釋的鉀溶液(100mL水中含有40mEq)灌入膀胱中，維持5min。在實驗前後記錄尿急和疼痛的程度，以0-5分來表示，0表示無尿急和疼痛，5表示尿急和疼痛嚴重。當分值變化≥2時即認定試驗結果為陽性。人們對KCl試驗的診斷價值仍存有分歧。該試驗的缺點是特異性較差，膀胱過度活動症患者、放射性膀胱炎患者以及細菌性膀胱炎患者均可出現假陽性結果。另據報道，重症患者可出現假陰性結果。
此外，該試驗可給陽性患者帶來明顯的不適和痛苦。儘管如此，有資料顯示，KCl試驗有助於確定哪些患者在接受木聚硫鈉和肝素等旨在恢復上皮完整性的治療後更易奏效。
D膀胱活檢
來在IC診斷上作用較小，因其組織學特徵同炎症相似並且無特異性。儘管膀胱活檢能夠明確膀胱上皮淺表病變，除外原位癌，但在IC的診斷中並不是必需的。近來的發現表明：一些組織病理學的特徵也許可以預測特異性IC的症狀，實際上可以降低觀察到的IC症狀學方面的變異性。實際上，可以應用ICDB佇列研究對組織病理學和IC症狀的聯絡性進行分析，其中包括了那些不符合NIDDK標準但臨床懷疑IC的患者。
在ICDB研究中的637名患者，有211人行膀胱活檢術，根據研究標準，依據以下症狀的優先級別，在膀胱內病變最嚴重的地方取兩個活檢：存在Hunner氏潰瘍，粘膜下微血管末端的點狀出血，膀胱後壁即無Hunner氏潰瘍也沒有粘膜下微血管末端的點狀出血出現。此外再從膀胱三角區取一點活檢作為組內對照。用10點Likert標準評價患者的尿急和疼痛症狀，用排尿日記記錄三天晝夜排尿次數。
如同前述，膀胱鏡取病理(不論Hunner氏潰瘍和粘膜下微血管末端的點狀出血是否出現)同任何IC症狀均沒有統計學意義的聯絡。但是根據患者特點用獨立多因素前瞻性模型對其分析時，可發現選擇性的活檢也許同夜間尿頻，尿頻和泌尿系疼痛有相關性。
特別要引起注意的是：膀胱上皮的完全缺失，粘膜固有層的肥大細胞增多，和粘膜固有層中出現微血管末端的點狀出血都和夜間尿頻有相關性。同樣，粘膜固有層的血管密度增大也同進展性夜尿頻有關。粘膜下粒細胞聚集增加同尿急加重和夜尿多有聯絡。最後，泌尿系疼痛同膀胱上皮的粘膜缺失的程度和粘膜下出血的程度有關。
總結這些有意義發現的基礎上，作者認為IC的病理學診斷應該包括三個方面：膀胱上皮完整性消失，血管損害和粘膜肥大細胞增多。這些發現為關於此類疾病病理學的一些理論提供了依據，同時也證明了本病之所以難於診斷的病因多源性。作者沒有明確說明這些現象導致IC發展的順序性，同樣對於病理特徵同疾病的自然病程和治療結果之間的關係仍不甚明瞭，這仍需要長期的隨訪進一步提供依據。
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