剛一診斷靜脈血栓栓塞時，專家組推薦根據體重立即開始靜脈注射普通肝素、低分子肝素治療，有時候，在癌症患者中無抗凝禁忌症可使用磺達肝素。治療應該至少持續5-7天。
因為在有靜脈血栓栓塞的癌症患者中用低分子肝素長期治療具有優越的結果，其用於急性期治療可能更好除非存在禁忌症。
假如將用華法林長期治療，在厲害的腸道外抗凝(普通肝素、低分子肝素或磺達肝素)期間應該有與華法林疊加至少5天的短期過渡階段直至達到國際標準化比值≥2。
具有深靜脈血栓或肺栓塞的腫瘤患者用低分子肝素或華法林治療持續時間最短應該3個月。
沒有華法林的低分子肝素作為單一療法推薦用於近端深靜脈血栓或肺栓塞長期治療的最初6個月以及用於沒有抗凝禁忌症的晚期或轉移性癌症患者複發性靜脈血栓栓塞的預防(1級)。
然而，也應考慮如病人偏好和費用爭論點。
在持續存在危險因素或癌症活躍的患者中應該考慮無限期抗凝。
因為長期使用低分子量肝素治療靜脈血栓栓塞性疾病尚未在癌症患者持續時間長於6個月的臨床試驗中評估，在這段時間外對於需要抗凝治療持續更長時間的患者決定繼續低分子肝素或轉換至華法林治療應該根據臨床判斷。
對於急性下肢近端深靜脈血栓或肺栓塞具有抗凝絕對禁忌症的患者應該強烈考慮放置下腔靜脈濾器。然而，在沒有下肢、下腔靜脈或骨盆深靜脈血栓的情況下放置下腔靜脈濾器的收益尚不清楚。
在抗凝無效的肺栓塞患者(2B級)、不遵醫囑規範抗凝的患者(2B級)、基線心或肺功能障礙嚴重到任何新的或複發性肺栓塞足以致命者(2B級)以及那些具有多發肺栓塞證據和慢性血栓栓塞性肺動脈高壓的患者(2B級)中也應考慮下腔靜脈濾器。
一般而言，在多數臨床情況中可回收下腔靜脈濾器是首選的；永久性濾器只應當在罕見情況下考慮其中患者具有持久的抗凝禁忌症或慢性並存疾病阻礙抗凝劑的使用。當放置了可回收濾器時，至關重要的是由其醫師密切隨訪患者以便該裝置在不再需要放置後可及時移除。技術工藝的進步與可用的血栓溶解劑數量的增加增進了深靜脈血栓溶栓治療的應用。
抗凝防止凝塊擴散和復發，但是不能有效溶解凝塊。相反，血栓溶解劑促進血塊溶解，可能有助於減少遠期併發症如血栓後綜合徵(PTS)。
血栓後綜合徵是深靜脈血栓的一種慢性併發症在血栓事件以後幾個月到幾年顯現。
血栓後綜合徵是由於波及的肢體血管阻塞與靜脈瓣功能障礙靜脈迴流損害導致的長期靜脈高壓引起的。
血栓溶解劑理論上可通過促進凝塊迅速溶解、降低靜脈迴流障礙以及預防靜脈瓣損傷降低血栓後綜合徵的發生率。
血栓後綜合徵典型的症狀與體徵包括腿痛、不靈活或腿部腫脹。
已報道大約30％-50％有症狀的深靜脈血栓的患者在5-8年內發生該綜合徵，並且可消極影響患者的生活質量。嚴重的血栓後綜合徵型別可發生在高達10％的患者，並且可包括面板與皮下組織改變，如面板潰瘍、色素沉著過度、靜脈曲張性溼疹以及皮下萎縮。
已用於深靜脈血栓治療的溶栓劑包括尿激酶、鏈激酶以及最近的重組纖溶酶原啟用劑阿特普酶、瑞替普酶以及替奈替普酶靜脈注射用藥。
在過去，血栓溶解劑經靜脈導管全身性給藥，其可能降低治療效果並增加出血併發症的可能性。
雖然如此，與單獨抗凝相比，溶栓與凝塊大部分或完全溶解率增加以及血栓後併發症較少有關。
近年來，經導管給予血栓溶解劑直接進入到凝塊實質內能夠使血栓溶解劑靶向更準確以及使用基於導管的血栓摘除術裝置以促進凝塊清除。經導管溶栓(CDT)±機械血栓摘除術與比傳統抗凝具有顯著更高的凝塊完全溶解率。
已報道在深靜脈血栓患者中使用尿激酶、阿特普酶、瑞替普酶和替奈普酶經導管溶栓有效溶解凝塊，包括一項回顧性分析在內提示與尿激酶相比纖溶酶原啟用劑(阿特普酶和瑞替普酶)治療費可能較低。
一項比較經導管阿特普酶溶栓加抗凝對比單獨抗凝治療急性髂股深靜脈血栓患者(n=103)的標籤開放、隨機對照試驗初步結果顯示外加經導管溶栓在6個月時髂股開放率較高(64％對36％)。該研究更多患者(n=209)的長期隨訪證實外加經導管溶栓在6個月時髂股開放率較高(66％對47％)。在完成24個月的隨訪後，據報道經導管溶栓組的患者血栓後綜合徵顯著較少(41％對56％；P=.047)。
相反，在一項首次出現近端深靜脈血栓患者的隨機試驗中(SOX試驗)與安慰劑相比彈力襪未能預防血栓後綜合徵。因此，不應指定分級加壓彈力襪用於預防血栓後綜合徵。
回顧性患者組已經證明癌症患者可受益於經導管藥物-機械溶栓。
2012美國胸內科醫師學會指南不推薦在單獨抗凝的基礎上常規使用經導管溶栓，但是建議具有下列因素的患者最可能受益於經導管溶栓：髂股深靜脈血栓；症狀持續時間小於14天；功能狀態良好；預期壽命至少1年以及低危出血。
NCCN小組相信對於選擇性的巨大有症狀的四肢深靜脈血栓患者可考慮經導管溶栓和血栓摘除術作為一個治療選擇，尤其是當其對傳統抗凝無應答時。
溶栓絕對禁忌症(區域性或全身給予)包括出血性卒中史(或不明原因卒中)、顱內腫瘤、缺血性卒中(既往3個月內)、嚴重外傷史、在既往3周內手術或顱腦損傷、血小板計數低(＜100×10^9L)、活動性出血和出血素質。
溶栓相對禁忌症包括年齡大於75歲、妊娠或產後第一週、刺穿部位不可壓縮、創傷性復甦術、頑固性高血壓、晚期肝臟疾病、感染性心內膜炎、最近3個月內胃腸道出血以及預期壽命≤1年。
血栓溶解劑和血栓摘除術裝置的選擇應該根據本地醫生的專業技巧與經驗。
廣泛應用經導管溶栓期待目前有效的臨床試驗結果。
在放射影像後發現偶發靜脈血栓栓塞患者的治療應該與有症狀的靜脈血栓栓塞患者相同。
在最近一項試驗薈萃分析中比較用抗凝劑(普通肝素、低分子肝素和磺達肝素)立即靜脈血栓栓塞治療作為癌症患者靜脈血栓栓的初始治療，與普通肝素相比低分子肝素與在隨訪3個月時死亡率明顯降低有關(相對風險，0.71；95％CI，0.52-0.98)。然而，在低分子肝素與普通肝素之間沒有發現靜脈血栓栓塞復發方面的顯著差異。就死亡率、靜脈血栓栓塞復發或出血事件發生率而言在肝素與磺達肝素之間沒有發現顯著的統計學差異。
在對其應用沒有禁忌症的情況下，對於癌症患者靜脈血栓栓塞的緊急處理低分子量肝素是首選的因為其不需要住院或監測並且是長期治療的首選方案。
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