門靜脈積氣早期主要表現為麻痺性腸梗阻：小腸排列紊亂，充氣明顯，腸腔內可見多個液平，呈階梯狀。病情進展如腸內氣體進入腸壁則出現腸壁囊樣積氣。腸壁間增寬，腸壁區域性出現囊泡狀或串珠狀透亮區，漿膜下積氣時可呈現線，弧狀或環狀透亮區，較重病例因腸內氣體進入門靜脈可見門靜脈充氣徵：肝臟可見自肝門向肝內沿門靜脈走行的條型或樹枝狀透亮影，嚴重者可見腸袢固定(腸壞死)氣腹(腸穿孔)、和腹腔積液(腹膜炎)。腸壁囊樣積氣和門靜脈充氣徵為本病的特徵性表現。需要於以下疾病相鑑別診斷：
1、中毒性腸麻痺：當原發病為腹瀉或敗血症時，甚易把NEC誤診為中毒性腸麻痺。但中毒性腸麻痺無便血，X線片上無腸壁間積氣等。
2、機械性小腸梗阻：X線腹片上，液麵的跨度較大，腸壁較薄，無腸間隙增寬、模糊，無腸壁積氣，再結合臨床則易區別。
3、腸扭轉：腸扭轉時機械性腸梗阻症狀重，嘔吐頻繁，腹部X線平片示十二指腸梗阻影像，腹部密度均勻增深，並存在不規則多形氣體影，無明顯充氣擴張的腸曲。
4、先天性巨結腸：早期NEC表現為小腸大腸普遍脹氣時應與先天性巨結腸鑑別。後者以腹脹、排便困難為主，無血便。X線動態觀察腹部變化無腸壁積氣徵，結合臨床較易鑑別。
5、新生兒出血症：
生後2～5天可以出現胃腸道出血為主表現，需鑑別。新生兒出血症有生後未給予維生素K注射史，腹部不脹，腹部X線平片無腸腔充氣和腸壁積氣，維生素K治療有效。
6、胎糞性腹膜炎：個別病例的腹部X線平片偶可見散在小囊泡樣腸壁積氣影，但可有典型的異常鈣化影，再結合臨床不難鑑別。
7、自發性胃穿孔：多由於先天性胃壁肌層缺損引起，常發生於胃大彎近賁門處，大部病兒出生時有缺氧史。發病突然，生後3～5天突然進行性腹脹，伴嘔吐、呼吸困難和發紺，X線平片腹部僅見氣腹，無腸壁積氣或腸管脹氣。
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