目前公認的有效的抗病毒藥物有干擾素類和核苷(酸)類似物兩大類：
干擾素包括 普通干擾素：IFN1b、IFN2a、IFN2b和聚乙二醇干擾素：派羅欣(40KD) PegIFN-2a、佩樂能(12KD) PegIFN-2b，療程1年，HBeAg陰性患者因為停藥後易復發，療程應延長。
核苷酸類似物國內上市的有4種，各有特點，拉米夫定(lamivudine)：100mg qd， 隨用藥時間延長病毒耐藥變異率增高；阿德福韋酯(adefovir dipivoxil)：10mg qd，有一定腎毒性，應定期監測腎功能；替比夫定（Telbivudine）：600mg qd，可以引起血清肌酸激酶（CK）升高；恩替卡韋(entecavir) ：0.5mg qd，抑制病毒活性強，耐藥發生率低，價格高。
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