WHO2014年版《耐藥結核病規劃管理指南夥伴手冊》中藥物選擇順序與2008年的規劃管理指南不同，2008年指南首先從第一組藥物開始選擇，依次到第五組，2014年指南中，首先從第二組開始選擇，其次第二和第三組，最後是第一組和和第五組，具體五步選擇如下：
第一步，選擇第二組注射類藥物（阿米卡星，捲曲黴素，卡那黴素）。
第二步，選擇第三組氟喹諾酮類藥物（左氧氟沙星，莫西沙星）。
氟喹諾酮類藥物被認為是MDR-TB最有效的藥物之一；針對喹諾酮藥物有以下幾點建議：
1、MDR-TB治療方案中應包括氟喹諾酮藥物，且認為較新一代氟喹諾酮類藥物的抗結核活性更好。
2、避免同時使用不同的喹諾酮類藥物，減少心臟毒性。
3、左氧氟沙星被認為是氧氟沙星抗結核活性的2倍，並且對耐氧氟沙星的結核菌有活性。
4、不再推薦環丙沙星用於抗結核治療。
5、加替沙星可以用於治療MDR-TB，但由於有比較嚴重的副作用，在無充分證據支援加替沙星安全性的情況下儘量不選擇該藥。更傾向選擇左氧氟沙星和莫西沙星。
第三步，選擇第四組藥物（乙硫異煙胺、丙硫異煙胺、環絲氨酸、特立齊酮和對氨基水楊酸）。由於第四組藥物的藥敏試驗結果並不準確，要儘量選取2種或者2種以上的第四組藥物，以保證選擇至少4種“可能有效的抗結核藥物”的要求。
異煙肼低水平耐藥多與inhA突變有關，此時不推薦使用乙硫異煙胺或丙硫異煙胺，但可使用高劑量異煙肼；異煙肼高水平耐藥多與katG突變有關，此時不推薦高劑量異煙肼，但可選擇乙硫異煙胺或丙硫異煙胺。
新的手冊中規定，“可能有效的抗結核藥物”需符合以下4點：
1、先前治療失敗的方案中未曾使用過；
2、藥敏試驗提示敏感（指第一組中的異煙肼、利福平、第二組和第三組藥物）；
3、與已知耐藥的藥物無交叉耐藥；
4、在缺乏藥敏試驗或藥敏試驗結果不可靠時，可參考當地耐藥流行病學調查結果。
第四步，選擇第一組藥物（乙胺丁醇、吡嗪醯胺）。
新指南更突出了吡嗪醯胺在耐藥方案中的地位，理論上吡嗪醯胺對處於酸性環境中的細胞內結核菌有效，並且吡嗪醯胺藥物敏感性實驗結果可靠性不足，所以即使藥物敏感性實驗提示吡嗪醯胺耐藥，仍可作為MDR-TB治療藥物，WHO推薦耐藥結核病患者都應選用吡嗪醯胺，且可以全療程應用。如果病變較輕，吡嗪醯胺同第二組注射類藥物可以僅用於強化期。使用吡嗪醯胺過程中需注意肝毒性和其它嚴重不良反應。異煙肼在沒有證明其耐藥前可以選擇，藥物敏感性試驗證實其耐藥時需要剔除；乙胺丁醇不應作為MDR-TB的常規用藥，有充分證據證明其可能有效時也可以選擇。
第五步，選擇第五組藥物
（貝達喹啉、迪拉馬尼、氯法齊明、利奈唑胺、阿莫西林克拉維酸鉀、克拉黴素、高劑量異煙肼、亞胺培南西司他丁、美羅培南克拉維酸鉀和氨硫脲）。前述4步中選取的“可能有效的抗結核藥物”如果沒有達到4種以上，需要選第五組藥物補齊，有時需要從第五組藥物中選擇2種或者更多藥物。
第五組藥物藥敏試驗結果並不準確，其中除了貝達喹啉和迪拉馬尼外，其它第五組藥物都沒有經註冊用於治療結核病。目前已有大量實驗室和臨床資料支援第五組藥物（如利奈唑胺和氯法齊明）的有效性。
在制定耐藥方案的過程中應注意以下幾點：
1、第四組藥物推薦每日1次給藥，為避免藥物的不良反應，臨床常使用每日多次給藥的方法；
2、所有抗結核藥物的初始劑量都可以足量；
3、如果不能耐受藥物的不良反應（如環絲氨酸、乙硫/丙硫、對氨基水楊酸），患者可以以每週2次的劑量開始，逐漸加量；
4、第二組注射類藥物應每日1次，如果不能耐受可降低頻次，最好用至痰培養轉陰；
5、所有口服抗結核藥物在能耐受的情況下，都推薦每日使用；
6、吡嗪醯胺應全程使用；
7、對於可疑耐多藥患者，如果目前僅有利福平的耐藥結果，異煙肼仍可使用，直至得到異煙肼耐藥結果；
藥物劑量的選擇應根據年齡和體重，制定合理的個體化治療方案，儘可能避免藥物不良反應的發生。
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