引起感染性心內膜炎的細菌或其產物作為抗原，產生相應抗體，兩者組成迴圈免疫複合體。在腎小球內免疫複合體的沉積部位與細菌的型別、感染時期有關，但主要取決於抗原-抗體複合物的大小和溶解度。
感染性心內膜炎患者常有基礎心血管疾病。風溼性心臟病佔發病總數的60%～80%，其中以二尖瓣(尤其是二尖瓣脫垂)和主動脈瓣關閉不全最常見，三尖瓣或肺動脈瓣病變較少。先天性心臟病中以室間隔缺損及動脈導管未閉為最常見，其次為二葉主動脈瓣、法洛四聯症和主動脈竇瘤破裂等。其他疾病如馬方綜合徵、梅毒性心臟病和肥厚型心肌病等也可引起。
許多學者發現，拔牙後常會發生暫時性菌血症，尤其是患有牙周病或同時拔除多隻牙齒的情況下更是如此。許多口腔細菌可經創口入血，但以草綠色鏈球菌最多見。消化道和泌尿生殖系統創傷和感染常引起腸球菌和革蘭陰性桿菌菌血症。葡萄球菌菌血症見於面板和遠離心臟的感染。所以從預防菌血症著手可適當預防性用藥，但用抗生素預防本病既要積極，也要避免濫用。
另外，要堅持以防為主，向群眾宣傳本病的危害性並勸告人們遠離毒品。對於有靜脈藥物依賴/者勸其積極戒毒，以減少心臟感染性心內膜炎的發生。有效預防感染性心內膜炎也是預防其腎損害的主要措施。
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