診斷翼狀胬肉有時需與瞼裂斑、假性胬肉及鱗狀細胞癌相鑑別。
1、假性胬肉
假性胬肉常有明確的致病原因如炎症、外傷，特別是化學傷等，可發生角結膜任何部位，形態不規則，病變多為靜止。有的假性胬肉只有頭部與角膜相連，近角膜緣的底部探針可通過。真性翼狀胬肉是屬於結膜及結膜下組織的慢性炎症並向角膜發展的結果。假性翼狀胬肉一般是角膜邊緣區的急性損傷，其附近球結膜與角膜病變處發生粘連，形成一條結膜橋帶。
2、鱗狀細胞癌結膜鱗狀細胞癌
多見於老年人，可發生於角結膜任何部位。腫物凹凸不平或乳頭狀突起，迅速向周圍組織浸潤，新生血管紊亂，易出血，且侵犯角膜的組織多為不規則形態。必要時作病理活檢可確診。
3、瞼裂斑
瞼裂斑位於瞼裂區靠近角膜緣的球結膜，為一呈水平帶狀、三角形或橢圓形，隆起的灰黃色病灶。翼狀胬肉以侵入角膜為其特徵，而瞼裂斑則不是。但偶爾特別大的瞼裂斑可能侵犯角膜而與翼狀胬肉混淆。
4、角膜緣的良性腫瘤
結膜乳頭狀瘤為半透明、表面有光澤的紅色圓丘狀病灶，可位於鼻側或顳側靠近角膜緣處而與翼狀胬肉混淆，但結膜乳頭狀瘤絕少侵犯角膜，組織病理學檢查可區分二者。角鞏膜皮樣腫常發生於顳下方，為一白色表面光滑的半球形隆起，可輕充血，表面可見毛髮。發生於顳側時應與翼狀胬肉鑑別。
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