有些淋病患者經過正規治療後仍有尿道炎的症狀，尿道口雖然沒有了膿液，但仍有稀薄的分泌物，出現這種現象最常見的原因是患者在染上淋球菌的同時，也染上了其他菌的感染，造成非淋菌性尿道炎。
造成非淋菌性尿道炎最常見的病原體是衣原體。目前將衣原體所引起的非淋菌性尿道炎稱為衣原體性尿道炎。此外，念珠菌、陰道毛滴蟲等引起的尿道炎也是常見的，在我國，近年來非淋球菌性尿道炎的發病人數明顯增多，應引起我們的高度重視。
與淋菌性尿道炎相比，非淋菌性尿道炎有兩個特點：
1、發病慢，症狀輕。在不潔性交後，要經過1～3周的潛伏期才出現非淋菌性尿道炎的症狀，而不像淋病那樣，只需3～5天就出現症狀。
2、非淋菌性尿道炎的症狀較淋病要輕，在男性典型表現為尿道有刺痛或燒灼感，伴有輕至中度的尿急、尿痛及排尿困難，尿道口有些紅腫、有稀薄的分泌物。早晨首次排尿時可因分泌物成糊狀封住了尿道口，在內褲上也常可見到自尿道口逸出的分泌物。檢查時，沿尿道口方向擠壓陰莖，可擠出少許黏液性分泌物。需要指出的是約1/3男性患者症狀不明顯，甚至無症狀。
男性主要的合併症是附睪炎，患者附睪腫大，觸之疼痛。附睪炎常為單側性，有時同側的睪丸亦發生炎症，陰囊腫脹疼痛。炎症使輸精管增粗，如不及時治療，那麼反覆發作可因炎症發生纖維化，導致輸精管堵塞。若雙側堵塞可造成男性不育。
前列腺炎是又一個常見合併症。急性期時，前列腺紅腫充血。腫大的前列腺壓迫尿道使患者出現排尿困難，尿流變細、中斷、尿時疼痛等不適。檢查前列腺有明顯的壓痛，取前列腺液檢查可見有多數白細胞。臨床上更多見的是慢性前列腺炎，患者經常感到下腹部、會陰部不舒服，有重墜感，有時尿道口有少許分泌物。
患了非淋菌性尿道炎，男性患者的症狀遠比女性患者要明顯，因此在醫院見到的非淋菌性尿道炎絕大多數為男性。患者的愛人或性伴可能患有非淋菌性宮頸炎，因症狀不突出不來治療，結果是男方經過治療治癒不久又復發，有的人反覆治反覆犯。因此當夫妻雙方一方患了非淋菌性尿道炎，另一方應去醫院檢查，必要時應同時接受治療。
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