單純的腦幹損傷並不多見。腦幹包括中腦、腦橋和延髓，當外力作用在頭部時，不論是直接還是間接暴力都將引起腦組織的衝撞和移動，可能造成腦幹損傷。
暴力作用於頭部造成的原發性腦幹損傷約佔顱腦損傷的2-5％，在重型顱腦損傷中約佔10-20％，腦幹內除有顱神經核、軀體的感覺和運動傳導束通過外，還有網結狀構和呼吸、迴圈等生命中樞。故其致殘率和死亡率高。
一般造成原發性腦幹損傷的暴力常較重，因此，很少見腦幹的單獨損傷，而是與腦挫傷同時存在，故傷情也較一般腦挫傷嚴重。如原發腦幹損伴有顱內血腫，腦挫裂傷腦水腫或瀰漫性腦腫脹產生小腦幕切跡疝時，即在原發性腦幹損傷的基礎上又增加了繼發性腦幹損傷，如處理遲延，將導致乾的缺血性壞死，後果極為嚴重。
腦幹不僅含有大部分的腦神經核(除了嗅神經和視神經)，全身感覺、運動傳導束皆通過腦幹，呼吸迴圈中樞亦位於此，而腦幹網狀結構則是參與維持意識清醒的重要結構。所以腦幹損傷後，除了有區域性腦神經受損的表現外，意識障礙、運動感覺障礙的表現往往較重，而且還可有呼吸迴圈功能的衰竭，危及生命。
1、意識障礙原發性腦幹損傷病人，傷後常立即發生昏迷，輕者對痛刺激可有反應，重者昏迷程度深，一切反射消失。昏迷為持續性，時間多較長，很少出現中間清醒或中間好轉期，如有，應想到合併顱內血腫或其他原因導致的繼發性腦幹損傷。
2、瞳孔和眼運動改變眼球活動和瞳孔調節功能由動眼、滑車及外展等腦神經管理，它們的神經核均位於腦幹，腦幹損傷時可有相應變化，臨床上有定位意義。中腦損傷時，初期兩側瞳孔不等大，傷側瞳孔散大，對光反應消失，眼球向下外傾斜;兩側損傷時，兩側瞳孔散大，眼球固定。腦橋損傷時，可出現兩瞳孔極度縮小，光反射消失，兩側眼球內斜，同向偏斜或兩側眼球分離等徵象。
3、去皮質強直是中腦損傷的重要表現之一。因為中腦前庭核水平存在促進伸肌收縮的中樞，而中腦紅核及其周圍網狀結構是抑制伸肌收縮的中樞所在。兩者之間切斷時，便出現去皮質強直。表現為伸肌張力增高，兩上肢過伸並內旋，下肢亦過度伸直，頭部後仰呈角弓反張狀。損傷較輕者可為陣發性，重者則持續發作。
4、錐體束徵是腦幹損傷的重要體徵之一。包括肢體癱瘓、肌張力增高，腱反射亢進和病理反射出現等。在腦幹損傷早期,由於多種因素的影響,錐體束徵的出現常不恆定。但基底部損傷時，體徵常較恆定。如腦幹一側性損傷則表現為交叉性癱瘓，包括肢體癱瘓、肌張力增高、腱反射亢進及病理反射陽性。嚴重損傷處於急性休克期時，全部反射可消失，病情穩定後才可出現。
5、生命體徵變化(1)呼吸功能紊亂：腦幹損傷常在傷後立即出現呼吸功能紊亂。當中腦下端和腦橋上端的呼吸調節中樞受損時，出現呼吸節律的紊亂，如陳-施呼吸;當腦橋中下部的長吸中樞受損時，可出現抽泣樣呼吸;當延髓的吸氣和呼氣中樞受損時，則發生呼吸停止。在腦幹繼發性損害的初期，如小腦幕切跡疝的形成時，先出現呼吸節律紊亂，陳-施呼吸，在腦疝的晚期顱內壓繼續升高，小腦扁桃體疝出現，壓迫延髓，呼吸即先停止。
(2)心血管功能紊亂：當延髓損傷嚴重時，表現為呼吸心跳迅速停止，病人死亡。較高位的腦幹損傷時出現的呼吸迴圈紊亂常先有一興奮期，此時脈搏緩慢有力，血壓升高，呼吸深快或呈喘息樣呼吸，以後轉入衰竭，脈搏頻速，血壓下降，呼吸呈潮式，終於心跳呼吸停止。一般呼吸停止在先，在人工呼吸和藥物維持血壓的條件下，心跳仍可維持數天或數月，最後往往因心力衰竭而死亡。
(3)體溫變化：腦幹損傷後有時可出現高熱，這多由於交感神經功能受損，出汗功能障礙，影響體熱發散所致。當腦幹功能衰竭時，體溫則可降至正常以下。
6、內臟症狀(1)上消化道出血：為腦幹損傷應激引起的急性胃黏膜病變所致。
(2)頑固性呃逆。
(3)神經源性肺水腫：是由於交感神經興奮，引起體迴圈及肺迴圈阻力增加所致。腦幹反射與腦幹損害平面的對應關係：嚴重腦損傷時，皮質以下至腦幹各平面受損程度和範圍不一，其臨床表現亦各異。故可從某些生理反射或病理反射的表現，來判斷腦幹受損的部位，用以指導臨床、推測預後。
腦幹位於腦的中心，其下為斜坡，揹負大小腦，當外力作用於頭部時，腦幹除了可直接撞擊于堅硬的斜坡骨質外，還可受到大腦和小腦的牽拉、扭轉、擠壓及衝擊等致傷，其中以鞭索性、扭轉性和枕後暴力對腦幹的損傷最大。通常額部受傷時，可使腦幹撞擊於斜坡上;頭側方暴力作用使腦幹嵌挫於同側小腦幕切跡上，枕後受力使腦幹直接撞擊於斜坡和枕骨大孔上;扭轉和牽拉運動致傷可使腦幹受到大小腦的作用受傷。頭部因突然仰俯運動所致鞭索性損傷中，延髓受損機會較多;雙腳或臀部著力時枕骨發生凹陷骨折，則可直接損傷延髓;此外，當頭部受擊引起顱骨嚴重變形，通過腦室內腦脊液衝擊波亦可造成中腦導水管周圍或四腦室底的損傷。原發性腦幹損傷的病理改變常為挫傷伴灶性出血和水腫，多見於中腦被蓋區，腦橋及延髓被蓋區次之，腦幹受壓移位、變形使血管斷裂引起出血和軟化等繼發病變。
瀰漫性軸索損傷(Diffuse axonal injury，DAI)，系當頭部遭受加速性旋轉暴力時，因剪應力而造成的神經軸索損傷。病理改變主要位於腦的中軸部分，即胼胝體、大腦腳、腦幹及小腦上腳等處，多屬挫傷、出血及水腫。鏡下可見軸索斷裂、軸漿溢位。稍久則可見圓形回縮球及血細胞溶解含鐵血黃素。最後呈囊變及膠質增生。國外學者提出所謂原發性腦幹損傷實際上是DAI 的一部分，不應作為一種獨立病徵。通常DAI 均有腦幹損傷表現，且無顱內壓增高，故需依靠CT 或MRI 檢查才能診斷。繼發性腦幹損傷為顳葉鉤回疝、腦幹受擠壓導致腦幹缺血損傷。
原發性腦幹損傷與其他的顱腦損傷往往同時存在，臨床症狀重迭，鑑別診斷較為困難。對於傷後立即昏迷並進行性加重、瞳孔大小多變、早期發生呼吸迴圈功能衰竭、出現去皮質強直及雙側病理徵陽性的病人，原發性腦幹損傷的診斷基本成立。
實驗室檢查：腰椎穿刺，腦脊液壓力正常或輕度增高，多呈血性。
其他輔助檢查：
1、顱骨X 線平片 顱骨骨折發生率高，亦可根據骨折的部位，結合受傷機制推測腦幹損傷的情況。
2、顱腦CT、MRI 掃描原發性腦幹損傷表現為腦幹腫大，有點片狀密度增高區，腳間池、橋池，四迭體池及第四腦室受壓或閉塞。繼發性腦疝的腦幹損傷除顯示繼發性病變的徵象外，還可見腦幹受壓扭曲向對側移位。MRI可顯示腦幹內小出血灶與挫裂傷，由於不受骨性偽影影響，顯示較CT 清楚。
3、顱內壓監測 有助於鑑別原發性或繼發性腦幹損傷，繼發者可有顱內壓明顯升高，原發者升高不明顯。
4、腦幹聽覺誘發電位(BAEP) 為腦幹聽覺通路上的電生理活動，經大腦皮質傳導至頭皮的遠場電位。它所反映的電生理活動一般不受其他外在病變的干擾，可以較準確地反映腦幹損傷的平面及程度。
原發性腦幹損傷往往與腦挫裂傷或顱內出血同時伴發，臨床症狀相互參錯，難以辨明孰輕孰重、何者為主，特別是就診較遲的病人，更難區別是原發性損傷還是繼發性損害。原發性腦幹損傷與繼發性腦幹損傷的區別在於症狀、體徵出現的早晚。繼發性腦幹損傷的症狀、體徵皆在傷後逐漸產生。顱內壓持續監護亦可鑑別：原發性顱內壓不高，而繼發性則明顯升高。同時，CT和MRI 也是鑑別診斷的有效手段。在顯示腦實質內小出血灶或挫裂傷方面，尤其是對胼胝體和腦幹的細微損害，MRI 明顯優於CT。腦幹聽覺誘發電位可以較準確地反映腦幹損傷的平面及程度。通常在聽覺通路病灶以下的各波正常，病灶水平及其上的各波則顯示異常或消失。顱內壓監護連續測壓亦有鑑別原發性或繼發性腦幹損傷的作用，雖然二者臨床表現相同，但原發者顱內壓正常，而繼發者明顯升高。
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