肝外膽管癌的手術包括根治性切除和姑息性切除，一部份晚期的膽管癌可通過PTC或ERCP放置內支架管而有效地減輕黃疸。
1、肝門部膽管癌的手術方法
(1)、肝門膽管癌根治性切除術將包括腫瘤在內的部分膽總管、膽囊、肝總管、左右肝管和肝十二指腸韌帶內除血管以外的所有組織骨骼化切除，行肝管空腸Roux-Y吻合術。
(2)、肝門膽管癌擴大切除術在骨骼化切除同時，同時加行左半肝、右半肝、中肝葉或尾狀葉切除。門靜脈壁受累時可部分切除或整段切除後重建。
(3)、肝門膽管癌部分切除、狹窄肝管內記憶合金內支架植入和肝管空腸Roux-Y吻合術。支架可擴開狹窄的膽管，並延緩腫瘤殘留或復發所致的膽管阻塞。
(4)、姑息性減黃引流術包括肝管內建管內引流或外流術，左側肝內膽管空腸吻合術，右側肝內膽管空腸吻合術，u形管外引流術，記憶合金內支架術。不適合手術者，亦可行PTCD或ERCP內支架植入引流術。
2、中段膽管癌手術方法
可行膽管部份切除，肝管空腸Roux-Y吻合術，門靜脈壁可部分切除或一段切除。不能切除者，則在其梗阻上方行膽道旁路內引流或外引流術。
3、下段膽管癌的手術方法標準的術式為胰十二指腸切除術
肝門部膽管癌切除後5年生存率最樂觀的為40%，其他的為10%或更低。區域性復發是死亡的主要原因。下段膽管癌切除的病人存活率要高於肝門部膽管癌切除病人，有一組研究報道其5年生存率可達28%。
4、肝內膽管癌小的周圍型肝內膽管癌可行肝切除後而獲長期生存，其5年生存率有人報告可達44%，巨大型肝內膽管難以切除，預後很差。無淋巴結轉移和肝內外大血管侵犯的病人可行肝移植，少數研究中，肝移植後的5年生存率超過術53%。
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