十二指腸潰瘍的疼痛位於上腹部，多為上腹正中或略偏右，具體疼痛部位可因潰瘍位置的不同、病情不同而有所差異。
典型的上腹疼痛是發生於空腹狀態的，也就是飯前空腹飢餓時出現的，進食後疼痛可以緩解，吃鹼性食物如蘇打餅乾也可以緩解。患者常常會在在上午十點到十一點，下午四到五點出現疼痛。還會出現於夜間空腹的狀態下，特別是後半夜，常常會痛醒。疼痛多為燒灼樣或鈍痛，呈“節律性”疼痛，即“疼痛--進食--緩解”。疼痛有時可放射到後背對應的部位。可伴有反酸，嘔吐，胃脹。
典型患者的上腹痛症狀往往有季節規律，在秋冬或冬春換季時發生，多年間反覆出現和緩解也很常見，即所謂“週期性”疼痛，可自行緩解。飲酒或飲食不節制時疼痛會加重，緊張勞累時會加重。
當十二指腸潰瘍嚴重時會出現穿孔，從而發生突然的、劇烈的全腹痛，難以忍受，需要急診救治。還有少數的十二指腸潰瘍患者沒有疼痛等症狀，是“沉默的潰瘍”。這類潰瘍更容易出現併發症。
總的來說，十二指腸潰瘍疼痛的部位是因病情而有所變化的，所以有潰瘍病史的患者，如果出現腹部疼痛，無論哪裡，都應到醫院做檢查，查明原因，以免延誤病情。
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