非淋菌性尿道炎在治療方面還是以敏感抗生素治療為主。
非淋菌性尿道炎是指除淋病奈瑟菌以外的病原體，其中沙眼衣原體和支原體感染常見，大多數仍是通過性傳播感染。非淋菌性尿道炎症狀來說和淋病尿道炎類似，都往往伴隨尿痛和尿道分泌物，顏色微黃或呈膿性，女性有時還會伴隨白帶增多等。20%-50%的人群並沒有明顯的臨床症狀，往往是體檢發現。
目前治療還是以針對病原菌採用合適敏感的抗生素為主。通過支原體、衣原體培養加藥敏實驗，找出敏感抗生素治療。例如支原體和沙眼衣原體首選大環內酯類抗生素，例如阿奇黴素或者羅紅黴素。隨著耐藥菌的不斷產生，抗生素的選擇也在不斷變化和升級，除了應用抗生素以外，一般治療例如大量飲水，保持清潔也很重要。治療時抗生素應用要足劑量、足療程。當然，治療和預防應該並重，患者的毛巾、內衣或者浴盆等也要分開，性伴侶也需要同時治療。治癒標準為臨床症狀消失1周以上；尿沉渣鏡檢陰性；尿道或宮頸塗片及培養陰性。
綜上所述，非淋菌性尿道炎的治療仍然以抗生素治療為主，治療前需要先明確病原菌感染，及時對症治療。
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