幽門螺桿菌的檢查方法有多種。
在醫院裡目前常用幽門螺桿菌的檢測方法可以大致分為侵入性檢查與非侵入性檢查兩大類。
1、抽血檢查：這種方法主要是通過抽血檢查幽門螺桿菌抗體多少來判斷幽門螺桿菌感染，總的來說是不太準確的。因為幽門螺桿菌寄生於胃黏膜的表面，一般是不會進入血液的，並且患者在治癒之後，血中幽門螺桿菌抗體仍會存在1到2年的時間，這段時間內抽血會出現假陽性結果。
2、C13和C14尿素呼氣試驗：由於C14對人體、環境有汙染，同位素服用後在人體不會被衰退（全部衰退期有6萬年），所以該法不適於孕婦和兒童。C13無放射性，不會汙染環境，該法需要服用相應的C13標記的尿素，其敏感性和特異性較高。所以，C13呼氣試驗檢測已被公認為目前檢測幽門螺桿菌的常用的有效方法。
3、唾液檢測法：用唾液測試板檢測，間接檢出幽菌抗原，測定尿素酶敏感性及特異性，該法針對性強，簡單安全而且費用低，很適合初查和複查選用。
4、胃鏡及胃黏膜活檢：其特點是組織學檢查病理切片精確度高，快速尿素酶試驗化學反應精確度低，由於該法屬於一種侵入方式，胃內的幽門螺桿菌成灶狀分佈，有可能取到的黏膜部位沒有細菌，錯過診斷，造成假陰性，並且費用高，故有些患者比較排斥，不適用於普查。
總之，幽門螺桿菌檢測主要包括侵入性檢查與非侵入性檢查兩種。抽血檢查、C13和C14呼氣試驗、唾液檢測法為非侵入性檢查，而胃鏡及胃黏膜活檢屬於侵入性檢查。
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