乙肝病毒感染後可以引起急性肝炎、也可以引起慢性肝炎或隱匿性感染。這主要與感染時的年齡有關（不同年齡其免疫狀態不同），通常在圍生 (產) 期和嬰幼兒時期感染HBV 者中，分別有90％和25％-30％將發展成慢性感染；在青少年和成人期感染HBV 者中，僅5％-10％發展成慢性HBV感染。成人期感染HBV 者90％以上均可完全治癒。這也是我們常常在體檢中發現有些人乙肝五項中抗HBs 及抗HBc陽性的原因之一。
慢性乙型肝炎病毒感染的自然病程漫長，可持續30～50年。期間可分為免疫耐受期、免疫清除期、免疫清除期和非活動或低（非）複製期。
免疫耐受期：特點是HBV 複製活躍，HBV DNA滴度較高 (>105 拷貝/ml)，血清HBsAg 和HBeAg 陽性，血清丙氨酸氨基轉移酶 (ALT) 水平正常，肝組織學無明顯異常，這也是我們常常見到的慢性HBV攜帶者；
免疫清除期：表現為血清ALT及天門冬氨酸氨基轉移酶 (AST) 持續或間歇升高，肝組織學有壞死炎症等表現，HBV DNA 滴度>105拷貝/ml，但一般低於免疫耐受期，這是通常所說的慢性肝炎。
非活動或低 (非) 複製期：表現為ALT／AST 水平正常，肝組織學無明顯炎症；HBV DNA 檢測不到 (PCR 法) 或低於檢測下限， HBeAg陰性，抗-HBe 陽性，這部分患者成為非活動性HBsAg攜帶狀態。
慢性乙型肝炎患者中，肝硬化失代償的年發生率約3％，5 年累計發生率約16％。慢性乙型肝炎、代償期和失代償期肝硬化的5 年病死率分別為0％-2％、14％-20％和70％-86％。肝硬化者5 年肝癌的發生率為6％-15％。在6 歲以前受感染的人群中，約25％在成年時將發展成肝硬化和原發性肝癌。
因此，對於慢性HBV感染者最終的轉歸大致有以下三種情況：終生攜帶病毒不發病；或轉為慢性乙型肝炎；或進一步發展成肝硬化、肝癌。由於慢性感染時病情常常隱匿，不易被發覺；即使有些不適如不想吃飯、精神差、乏力或噁心等亦不被引起注意。常常在病情嚴重時才來就診，可能這時已經失去了許多治療機會，所以我們強調在發現有HBV感染後要定期做相應的檢查。
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