一天中艾灸的最佳時間與疾病的具體型別有關，不可一概而論。
若患者為急性病症，如痛經，需要即時進行艾灸治療。若患者為虛寒體質，畏寒情況比較明顯，進行艾灸能夠溫補陽氣、驅散寒邪，可以考慮每日早晨進行艾灸治療，因早晨自然界中的陽氣最為旺盛，人體陽氣也處於最旺盛的時機，通過艾灸療法可以補助人體的陽氣，以便更好激發人體的正氣。而患者如果存在失眠等情況，可以考慮在黃昏時或睡前進行艾灸治療，效果較好。
此外，患者需要注意的是，在艾灸前不要進食過飽或飲水過多，以免導致胃腸血流量增多，而且艾灸後區域性穴位血液迴圈加速，可能造成腦部血液供應減少。
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