腸胃功能紊亂持續的時間與起病的原因有著密切的關係，如反覆發作可能會一直存在。
胃腸功能紊亂又稱胃腸神經官能症，其原因主要見於飲食因素，如飲食不規律、刺激性飲食等導致胃腸道蠕動功能的紊亂，經過積極治療則會在1-2天內治癒；一些消化性潰瘍、慢性胃炎以及腸道的急慢性炎症等，如不治療原發病，可導致胃腸道功能紊亂一直反覆發作；精神因素也是導致胃腸道功能紊亂的一種原因，如緊張、焦慮、抑鬱等可導致下丘腦功能紊亂，從而影響胃腸道功能，導致胃腸功能紊亂，如不能有效去除病因，也可一直存在。
建議胃腸道功能紊亂的患者首先調整飲食結構、避免進食誘發胃腸道功能紊亂的食物；其次要保持良好的情緒、作息規律，必要時可給予一些鎮靜的藥物，針對消化道症狀可給予抑制胃酸、保護胃黏膜、解痙止痛以及促進消化等藥物治療。
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