主動脈夾層腔內治療是主動脈夾層外科干預的一種手段，由於是開刀與介入相結合，除了常規手術的各種併發症外，還有一些特殊要點：
1. 術中封堵左鎖骨下動脈：大多數主動脈III型夾層破口位於主動脈弓降部1-2cm 的範圍內，所以需要部分或全部封堵左鎖骨下動脈。封堵後一般不會造成左上肢的缺血，但術前造影應瞭解雙側椎動脈情況，對於左側優勢椎動脈的患者儘量不完全封堵左鎖骨下動脈。
2. 術中支架移位：由於患者動脈弓的形態、真假腔的位置、假腔的大小和支架輸送系統本身的剛性等都是造成支架移位的客觀因素，操作者的經驗則是造成一些支架移位的主觀因素，移位的後果可能是內漏或堵住左頸總動脈，需要增加cuff或採取措施降支架拖回適當位置。
3. 術中或者術後破裂：將造成患者死亡，發生率約1％。
4. 術後截癱：一過性輕癱的發生率為1.9％，截癱的發生率為0.6％，國內目前沒有永久性癱的報告。一旦發生應立即脫水、給激素、保持收縮壓在140mmHg以上，也可以抽取腦脊液。
5. 術後發熱反應：部分病人可能出現發熱，體溫大多在38.5℃以下，但曾有病人達到41℃，大多血象不高，發熱可以持續1-4周，個別更長。
6. 造影劑毒副作用和造影劑腎病。
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