益生菌一天中最佳的服用時間是在早上空腹時，或者是隨餐一起服用，服用時水溫不宜過高。
益生菌是一類對人體有益的活性微生物，有利於緩解因腸道菌群失調引起的腹瀉、便祕、脹氣、消化不良等症狀。早上空腹時服用有利於益生菌順利的到達腸道定植的部位，建立正常的菌群，有助於恢復正常的消化功能。但應注意的是如果水溫過高，活菌製劑容易受影響，則起不到相應效果，所以沖服時一定要注意水溫。若是服用益生菌的同時還使用抗生素類的藥物，應注意間隔2個小時左右。
益生菌對人體有益，但不是越多越好，也不宜過度攝入和補充益生菌，科學合理的使用，才能真正有益於人體微生態平衡。
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