嬰幼兒服用益生菌的最佳時間為飯後半小時，可用溫開水沖服，亦可加在牛奶中口服，且水溫不能超過40℃。
益生菌可調節機體免疫系統，調節腸道的菌群失調，抑制腸道炎症，緩解腹瀉、便祕，減少過敏性疾病的發生。但多數益生菌不耐胃酸，因此不建議空腹服用，飯後胃酸濃度降低，使用益生菌後更有利於讓活菌順利地到達腸道，發揮作用。服用益生菌時不能與抗生素同時服用，兩者需至少間隔1-2小時。
部分嬰幼兒服用益生菌後肚子咕嚕響，此為正常的生理現象，無需過於擔心。但幼兒在口服益生菌時應避免過油膩的食物，平時多注意飲食搭配，選擇膳食纖維含量高的食物。
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