益生菌和抗生素一般建議間隔2-3個小時，以免影響藥效。
抗生素具有殺菌作用，和益生菌一同使用，可能會對益生菌有抑制或殺滅的作用，所以兩個藥應儘量避免合用。若是由於病情需要，患者必須同時應用抗生素和益生菌，需要注意二者的間隔時間，避免抗生素影響益生菌的吸收。臨床上一起使用的情況可分為以下兩種，一是短期使用抗生素，一般是7-14天，很少會引起腸道菌群失調，所以可以在抗生素療程結束以後再進行益生菌的補充。另一種是需要長期抗感染治療，臨床上超過一般療程時，需要同時口服益生菌，建議在應用抗生素後2-3小時再給予益生菌口服。
益生菌不建議長期連續服用，以免形成依賴性、抗藥性，加重腹瀉、便祕等症狀。
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