隱匿性陰莖手術屬於不大不小的手術，手術有一定的風險，不過總體來說，出現危險的概率還是比較低的。下面是可能出現的風險和併發症。
1、首先是麻醉意外，嚴重的可能引起呼吸、心跳驟停。手術前麻醉醫生也還會再談麻醉風險的事情。其實出現麻醉意外的可能性很小，尤其是在大型醫院，手術多的醫院，低於千分之一，但仍然是有可能發生的，要注意以下幾點：麻醉前禁食很重要，手術前要禁食（包括水）6-8小時，這樣胃基本是空的，不容易嘔吐，誤吸，手術不能在咳嗽，流鼻涕，嘔吐，腹瀉，發熱等情況下去做手術。麻醉師在麻醉談話前會問相關問題，不能隱瞞！
2、手術後陰莖勃起後出血，小雞雞是一個很特殊的組織，術中醫生都會止血很徹底，但是小雞雞勃起、拉小便或是拉大便用力，都可能引起陰莖充血，小血管破裂導致出血，一般出血的概率5%左右，這其中大部分又是少血出血，經壓迫、消毒等即可止住，極少部分需要再次到手術室止血。
3、手術切口感染、化膿。包皮手術切口是II類手術切口，我們用的是美容針線，美容縫合，一般不拆線不換藥，但是切口在尿道口，靠近肛門的位子，可能出現切口紅腫、感染、化膿等情況，但總體來說，手術切口感染不多見。由於包莖的寶寶包皮和陰莖頭粘連緊密，分離面是個比較大的創面，會有比較多的黃色滲液，形成痂皮或是血痂，這種情況不算是感染。
4、手術後排尿疼痛，因為手術切口在陰莖，陰莖神經分佈密集，痛是多少都會有的，這個手術大部分寶寶會有留置導尿管，術後3-7天拔除導尿管。
5、手術後陰莖水腫，包皮口狹窄，外觀不理想。由於寶寶包皮組織的特點，包皮水腫是一定會發生的，只是有的寶寶水腫厲害點，有的很輕微，一般1-2周消退。有疤痕體質的寶寶可能出現包皮口疤痕收縮導致狹窄，外觀不理想。
6、手術前包皮不能充分上翻，不能明確龜頭有無畸形，如包皮口擴大後發現尿道有先天畸形，需要停止該手術。
7、手術後隱匿型陰莖復發，這種情況少見，主要跟寶寶包皮太少，陰莖較長時間勃起有關係。
其他術前無法預料的意外事故情況，每個寶寶的個體差異是很大的。
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