一、質子泵抑制劑與鉍劑合用：
兩種藥物均是消化科常用的藥物。質於泵抑制劑能阻斷胃壁細胞微泌管膜上的質子泵，使氫離子排出受阻，口服後能迅速提高胃內PH值，提高抗生素對幽門桿菌的除菌效果，臨床多用於消化性潰瘍的治療，常用藥物有奧美拉唑、蘭索拉哇、泮托拉唑，雷貝拉唑等。鉍劑如膠體次枸櫞酸鉍則需要在胃酸的作用下，以鉍鹽的形式沉積於胃黏膜，保護潰瘍面併發揮抗幽門桿菌的作用。兩者同時口服，鉍劑因為失去酸性環境而不能發揮有效功能。因此鉍劑不宜與質子泵抑制劑同時口服。若是必須同時應用，應錯開服藥時間，以免影響療效。
二、鉍劑用於上消化道出血的治療：
各種因素引起的胃酸分泌過多導致胃黏膜損傷是病人發生上消化道出血常見的病因之一。胃黏膜主要分佈著大量無平滑肌管壁的毛細血管，因此一般作用於平滑肌細胞的血管止血劑效果較差，而使用制酸劑則可收到較好的效果。其原理是凝血塊在PH值小於5的胃酸中迅速被消化、制酸劑通過提高胃內的PH值，促進血小板聚集，誘導血漿凝血功能，而達到止血效果。但是，在上消化道出血活動期間，口服鉍劑如膠體次枸櫞酸鉍可以因在胃內形成硫化物出現黑便而影響對出血的評價，另一方面可能會影響制酸劑的療效，因此不適合用於上消化道出血的治療。
三、生態製劑合用抗生素：
頑固性腹瀉常與濫用抗生素導致腸道菌群失調、條件致病菌大量繁殖有關。生態製劑是臨床主要治療藥物之一。常用的活菌製劑有兩類：一類製劑如整腸生、米雅BM片等可以大量消耗腸道內氧，造成厭氧環境，促使厭氧菌生長以利恢復菌群的平衡;另一類如麗珠腸樂、培菲康等藥物則直接補充腸道正常菌。活菌製劑原則上不與抗生素合用，以免影響療效。若必須同時應用生態製劑與抗生素，可考慮應用死菌製劑如億活膠囊(酵母菌製劑)或樂托爾，該類製劑不受抗生素的影響。
四、氟哌酸合用制酸劑：
腸道感染患者臨床上常常表現為腹瀉、便血、裡急後重、糞便檢查白細胞增多等。喹諾酮類藥物抗菌譜廣，常作為腸道感染首選口服用藥。由於胃腸道的症狀常常同時並存，部分臨床醫師常常將氟哌酸與制酸劑合用。然而，制酸劑可影響氟哌酸的吸收，使血藥濃度下降，使療效降低。鋁碳酸鎂也可以影響該藥物的吸收，應避免同時應用。
五、思密達合用抗生素：
思密達含天然雙八面體蒙脫石微粒，能覆蓋胃腸道黏膜增強黏膜屏障，起到螯合膽鹽，清除致病菌及毒素，扶植腸道正常茵群，減少腸道敏感性等作用，為目前治療腹瀉的常用藥物。抗生素與之同時口服，可被思密達吸附而排除體外。同時，思密達在腸道可以形成保護膜，而影響抗生素的療效。若必須同時應用，應相隔2小時以上。
六、柳氮磺胺嘧啶合用抗生素：
柳氮磺胺嘧啶是治療潰瘍性結腸炎常用藥物之一。柳氮磺胺嘧啶口服後小部分在胃腸道吸收，其餘未被吸收的大部分在迴腸末端和結腸由腸道細菌分解成磺胺吡啶和5-氨基水楊酸。該藥治病機制主要是通過5-氨基水楊酸抑制前列腺素的合成而發揮作用。若同時應用抗生素將會使腸道細菌量減少，影響藥物的分解，降低療效。因此，柳氮磺胺嘧啶不宜與抗生素合用。近年來應用的艾迪沙等5-氨基水楊酸製劑因無需細菌分解直接發揮作用，因此可不受抗生素的影響。
七、有機磷農藥中毒應用能量合劑：
有機磷農藥中毒是消化科的危重疾病，發病主要表現為毒物抑制體內乙酸膽鹼脂酶使乙醯膽鹼積聚而產生的臨床徵候群。有機磷農藥中毒常常伴有多個器官的損害，因此臨床常應用能量合劑以輔助治療。體內乙醯膽鹼是由膽鹼和乙醯輔酶A在膽鹼乙醯化酶的作用下合成的，靜脈滴注乙醯輔酶A可加重乙醯膽鹼的積聚。乙醯輔酶A主要是通過三羥酸迴圈氧化，該過程受ATP的抑制。補充ATP可使三羥酸迴圈減慢，乙醯膽鹼合成增加。因此，有機磷農藥中毒搶救中不宜應用能量合劑。
八、西沙比利與抗抑鬱藥合用：
腸道易激綜合症多有動力學和精神方面的異常，促動力藥和抗抑鬱治療臨床上較為常用。西沙比利為全胃腸動力藥，能選擇性作用與胃腸壁5-HT4受體而刺激腸肌間神經叢釋放乙醯膽鹼進而促進胃腸運動。抗抑鬱藥丙米嗪、阿米替林、多慮平等多為三環結構化合物，該類藥物主要通過阻斷去甲腎上腺素和5-羥色氨的再攝取而發揮抗抑鬱作用。近年來臨床上多應用5-羥色氨再攝取的藥物，如帕羅西汀和氟西汀。西沙比利與抗抑鬱藥同屬於單胺氧化酶抑制劑，均能抑制肝臟細胞色素氧化酶P450同工酶。因此，兩種藥物合用會增強藥物對肝臟的毒性。
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