目前首選藥物為華法林口服抗凝，一天一次，一次3mg,前3個月沒一週複查一次凝血四項，將INR指標控制在2-3之間，且較為穩定後在改為每月複查一次凝血四項。對於一般的下肢深靜脈血栓患者，ACCP推薦長期抗凝3~6個月。對於某些存在凝血機制異常等高危因素的患者，則建議終身抗凝。抗凝治療是具有一定 的風險性的，其中包括肝素誘導的血小板減少，面板黏膜、消化道、尿道甚至顱內等部位的出血，等等。這就使抗凝治療常常處於兩難的地步：如果藥物劑量不足，則無法達到滿意的治療效果;而萬一劑量超標，出血的風險就會大大增加，甚至還會危及生命。因此，正規、專業的抗凝治療方案應當在一開始就由血管外科醫師根據病人的個體情況(血栓危險因素、身體一般狀況、生活習慣等)來制訂。在抗凝過程中，血管外科醫師還會根據病人情況檢測凝血指標，並根據檢查結果不斷調整藥物。
目前對於一些經濟條件較好的患者也可以選著口服 利伐沙班 特點不用頻繁複查凝血，致死性出血發生率較華法林低，但價格昂貴。
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