人類乳頭瘤狀病毒(HPV)分為2類：1)致癌性和2)非致癌性。感染致癌性(或高危)HPV是發生宮頸上皮內瘤變必要但不充分的條件。因此，僅有很少一部分感染HPV的女性會發展為嚴重的宮頸病變或宮頸癌。目前認為宮頸癌的發生系HPV感染導致，其可為一過性或持續性感染。大多數HPV感染是一過性的，進展的風險很小。
僅有一少部分感染是持續性的，但無論年齡因素，持續感染1年和2年都強烈預示進展為CIN 3或宮頸癌的風險。
目前還不完全清楚哪些因素導致HPV病毒持續感染。HPV-16具有最強的致癌潛力，全球所有宮頸癌病例中，大約55-60％的患者與其有關;HPV-18僅次之，10-15％的的患者與其有關。剩餘的宮頸癌則與大概12種另外的HPV亞型有關 。已知的導致HPV持續感染的協同因素還包括吸菸、免疫系統缺陷和HIV感染。HPV感染常常見於青少年和20多歲的女性，隨著年齡增長，感染率下降。
大多數年輕女性,尤其是那些小於21歲的女性,能夠通過有效的免疫應答在平均8個月內清除HPV感染，或85-90％的女性在8-24個月內將病毒負荷量降低至檢測陰性。在這一人群中，大多數宮頸病變會隨著感染的清除而自然消退。
對於30-65歲的女性，HPV感染的自然病程不隨年齡改變。對30歲及以上的女性，新感染HPV後持續性感染的可能性很小。但超過30歲的女性更可能表現為持續感染。這與高級別鱗狀上皮內瘤病(HSILs)發病率隨著年齡增長而增加相符。
考慮到宮頸低級別病變(或CIN1),是急性HPV感染的一種表現,病變消退轉為正常組織的機率很大,建議可行期待治療。而目前對CIN2的臨床處理是有爭議的，問題在於難以準確診斷和理想的治療手段。不同人診斷CIN2時存在很大的差異。CIN2的預後似乎是低級別和高級別病變的混合，而通過組織學很難對此進行簡單的區分，而不僅僅是一種獨立的中間病變。
考慮到CIN2分類的侷限性，ASCCP和美國病理學會採用了修訂後的2級組織學分類(低級別鱗狀上皮內病變(LSILs]和HSILs)，取消了CIN2作為一個獨立的分類。在未經治療的CIN3患者的佇列研究中,30年宮頸浸潤癌的累積發生率為30.1％，表明CIN3有極大進展為癌的風險。
在評估合適的篩查間隔時需要考慮疾病進展所需的時間。大多數HPV相關的宮頸病變進展非常緩慢，從CIN3進展到癌的確切時間尚不明確，但不同年齡診斷篩查出CIN 3發展到癌症的時間不一樣，仍然是漫長的過程。因此，對於這種比較緩慢的病程，適於進行頻率較低的篩查。
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