脣顎裂的發病原因迄今尚未徹底明瞭，一般認為與一下幾個因素有關：
1、營養缺乏 特別是維生素的缺乏目前被認為是造成脣顎裂畸形的一個重要因素。在懷孕前3個月中，如有營養不良及維生素缺乏史（包括過度嘔吐），就有使胎兒發生脣裂的可能。
2、藥物影響 某些藥物如反應停、阿司匹林、某些抗生素及皮質激素類藥物可使胎兒畸形的發生率增高。
3、情緒影響 有人認為在脣顎發育的關鍵時刻，孕婦生理或情緒上的緊張，易致胎兒畸形，這與母體內皮質激素分泌增加，因而抑制了纖維母細胞的發育有關。
4、病毒感染 也被認為是致病因素。在懷孕早期患風疹，常易致胎兒畸形。這在1940年澳大利亞風疹流行中已得到證實。但是否是風疹病毒本身，還是由於間接因素造成畸形，則有待進一步證實。
5、遺傳因素 脣顎裂畸形的發生常與遺傳有關。我們可在1個家庭中發現1個以上的畸形患者，在諮詢家族史中也可以發現直系或旁系親屬中有同樣畸形存在。文獻的最高數字是Fogh-Anderson報告脣裂有27％的遺傳率，脣顎裂同時存在者高達41％，而單純顎裂的遺傳率是19％。Barsky（1950）的統計為5％。宋儒耀（1957）的統計是4、3％。這些資料差異較大，需作進一步統計。但更重要的則是遺傳學本身變異的結果。這些遺傳性可因生活條件及新陳代謝的變異發生變化，而決不會一成不變地遺傳到後代去。
此外，放射能亦可造成胎兒畸形。總之，在胚胎髮育第4-8周時，由於某一因素原因影響了第一、二腮弓的正常發育，從而引起脣裂發生；而在第8-12周時，即可能出現顎裂。
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