經內窺鏡咬取組織學證實腺瘤己癌變時，只要可能（除非為難以經內窺鏡完整摘除或己確診為浸潤癌者），應將整個息肉摘除行組織學檢查，以供病理醫師向臨床提供完整的組織學資料，因僅以息肉的某一部分活檢資料而行創傷較大的外科治療是盲目的，尤其是腫瘤位於直腸而治療直接關係到肛門功能的情況下，更是如此。冰凍切片協助立即做出治療決定。
正確的病理學診斷對決定息肉癌變的治療至關重要。因此，外科醫師需和內窺鏡，病理醫師密切配合，肯定腺瘤是否完全切除，瞭解其大小、病理分類、組織學型別、癌細胞的分化程度、浸潤的深度、切緣是否有癌、淋巴管和靜脈有無浸潤，以便做出正確的判斷。
決定治療方案的因素有以下幾方面：
一、癌的浸潤深度
侷限在粘膜內的原位癌，不具有轉移能力，如己進行完整的腺瘤切除，則不需再行切除術。己浸潤到粘膜肌層的浸潤性癌，廣基者應行包括第1站淋巴結在內的腸切除術。有蒂者如癌己到切緣，即有癌殘留的危險性，必須進行腸切除術，否則須觀察隨訪。Cooper在決定是否行進一步手術治療時，強調蒂長度的意義，他將息肉蒂分為長蒂（≥3cm）、短蒂（＜3mm＝和無蒂。癌變侷限在長蒂、短蒂息肉的頭部者，無淋巴結轉移和區域性復發；癌變在切緣的短蒂息肉或近切緣的無蒂息肉者，有6/24（25％）的轉移或復發。
目前腺瘤癌變治療存在爭議，實際上是對帶蒂、細胞分化好或中等分化、淋巴管和血管未受累的早期浸潤癌是否需進一步處理意見不一致。Colacchio認為， 目前還不能準確預測哪些情況下可能發生淋巴轉移，建議對癌變包括早期浸潤癌的腺瘤一律行腸切除。Morson等認為早期浸潤癌的淋巴轉移率極低，小於2％，區域性切除的死亡率並不高於腸切除術，因此認為除非病灶切除不完整，不必再行腸切除治療。Eckardt等比較了單純息肉、息肉伴重度非典型增生、息肉伴浸潤癌經內窺鏡行息肉切除後的複發率及5年生存率，均無統計學差異，說明內窺鏡切除同樣是安全可靠的。
二、癌變腺瘤的組織學
1、管狀腺瘤：癌變侵及粘膜下層時， 由於粘膜下層有豐富的淋巴管及血管，理論上必然有發生轉移之可能，然而臨床經驗證實，管狀腺瘤侵幾粘膜下層時，淋巴轉移率是很低的，一般不超過5％。故浸潤性癌變限於有蒂的管狀腺瘤或混合腺瘤頭部時，只行腫瘤切除己足夠。如果切緣癌陽性或癌距切緣甚近、病理檢查見淋巴管或血管受侵或有癌栓形成、癌變屬低分化或未分化癌時，則需按結直腸癌治療原則處理。
2、絨毛狀腺瘤：癌變者30％發生浸潤，一旦發生浸潤性癌變，淋巴結轉移可佔全部癌變病例的16-39％，故對活檢為浸潤性癌變的絨毛狀腺瘤，應按結直腸癌原則進行處理。
3、混合性腺瘤：有浸潤性癌的混合性腺瘤的治療應根據：
（1）蒂：有蒂者，治療原則與管狀腺瘤相同；無蒂者，則按絨毛狀腺瘤癌變原則處理。
（2）絨毛成分的比例“絨毛成分較多時，則應按絨毛狀腺瘤癌變原則處理。
三、癌的分化程度及脈管侵犯情況
低分化癌或在組織切片上證實有淋巴管或血管浸潤者，易發生轉移和區域性復發，應按結直腸癌手術切除。
四、切緣與癌的距離
癌接近切除平面或切緣有癌，則必須追加外科腸切除。1983年Cooper報告56例經纖維結腸鏡切除的癌變息肉，包括切緣有癌和癌近切緣者（0.8cm以內），34例再行腸切除，發現5例（14.7％）有淋巴結轉移，2例有肝轉移。
五、患者年齡與全身情況
根據患者年齡和全身狀況，權衡根治性手術的危險性和復發的可能性，進行個體評價，以決定治療方案。
總之，對腺瘤癌變的處理，應“個體化”、“多引數”綜合分析，才能最大程度地減少治療失誤。
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