慢性乙型病毒性肝炎是我國乃至亞太地區的主要傳染病之一，嚴重危害了人們的健康。隨著醫學科學的日益發展，肝病領域專家不斷努力，已經從原來比較單純的護肝對症治療發展到目前公認的以抗病毒為主的綜合治療。這是治療原則上的一大進步。
另外，在治療藥物的選擇上，從上世紀80年代以干擾素為主，到90年代末以賀普丁(拉米夫定)為代表的核甘類似物的上市，相繼又不斷有新藥的開發和上市(包括阿德福韋、替比夫定、恩替卡韋、替諾福韋)，無疑對乙型肝炎的治療提供了新的手段。
但是，如何選擇治療的最佳時機，如何選擇合適的治療藥物，乙型肝炎的治療是否已經能得到完全根治?另外，有些患者盲目地輕信某些缺乏科學依據的廣告，耗費了大量財力，結果根本沒有得到應有的療效，或根本不是應該進行治療的時機，有的在治療中病況有所反覆甚至加重。現就慢性乙型肝炎為什麼比較難治，如何來客觀而科學地面對慢性乙型肝炎這一難題進行探討。
這牽涉到三個方面的因素，首先是病毒本身。乙型肝炎病毒侵入肝細胞是一個非損傷性的過程。每個肝細胞內有相數量的乙肝病毒，並以相當穩定的形式存在很長時期。一旦機體的免疫系統對感染的肝細胞內的病毒進行清除的時候，才同時損傷了肝細胞，嚴重的可引起重型肝炎。
目前所有的藥物對於這種存在於肝細胞內的穩定病毒結構沒有直接抑制或清除作用，是造成在抗病毒治療中不能完全清除乙型肝病毒的主要因素之一。另外，到現在為止，發現的乙型肝炎病毒的基因型已有8種。它的分佈有一定的地理和區域性。分佈在我國的主要是B型和C型。
對干擾素治療的效果較差，並且C型容易發展成肝硬化。乙肝病毒的基因型在自然條件和抗病毒治療中容易發生變異。這是病毒要適應它的存活環境、逃避藥物對它的攻擊以求得長期生存的一種本能。而這種變異造成了現有藥物作用的侷限性和新藥開發的必要性。
第二方面是受乙肝病毒感染的機體因素。一般來說，成人感染者，大多數(約95％)的患者可通過機體的免疫系統將病毒徹底清除而不發生慢性化，即達到痊癒。但若是垂直傳播而感染者，也就是由於母親或父親感染了乙肝病毒而傳染給他們的兒女，由此感染的患者大約90％都會成為慢性感染者。
從胎兒或出生發育期感染了乙肝病毒。機體不易將病毒清除，容易慢性化，並且大多會維持很長一段時期的病毒攜帶狀態。在這段時期常有很活躍的病毒複製(繁殖)，在抽血化驗檢測時可以表現為很高含量的。但此時不造成肝細胞的損害或僅很輕微的損害而不引起肝功能的變化，也不引起感染者的注意。
我們稱此為“免疫耐受”狀態，即病毒沒有引起肝細胞破壞，而機體的免疫系統也沒有能力來清除病毒。此時不是治療的最佳時機。因為不能通過抗病毒治療來有效地抑制病毒。現有的藥物也不能改變這種狀態。因此，專家認為處在這個時期暫不治療。但必須要在專科醫生指導下定期隨訪，包括肝功能、病毒標誌和影像學檢查等，及時捕捉治療的合適時機。
另外，一旦機體免疫系統開始對乙肝病毒加以攻擊，並進行清除，就會使肝細胞產生一定的炎症反應，可表現為肝功能不正常，出現轉氨酶升高及出現黃疸等。
如果這種對病毒的清除是適度的，則病毒會被抑制，肝功能逐漸恢復，進入康復期或疾病穩定期，如果肝細胞的炎症反應過度，可引起肝細胞的大量壞死，表現為病情加重。所以，同樣的乙肝病毒感染，會有不同的表現，而且非常複雜，不能一概而論，必須應病施治。
最後一方面是目前開發的藥物很有限。儘管現在肝病的治療藥物名目繁多，但如何來合理利用好有限的醫療資源還存在一定問題。盲目地認為治療藥物越多越好，越新越好，或者是使用了某種藥物就能永久地控制病情，防治復發，這些都是片面的觀點。
因此，如何科學地面對乙型肝炎病毒感染十分重要。2005年12月，我國最有學術權威的中華醫學會感染病學分會和肝病學會聯合制訂了我國《慢性乙型肝炎防治指南》，2010年12月又作了更新。其中明確指出了目前乙型病毒性肝炎的治療總體目標：最大限度地長期抑制或消除乙肝病毒，減輕肝細胞炎症壞死及肝纖維化，延緩和阻止疾病進展，減少和防止肝臟失代償、肝硬化、原發性肝癌及其併發症的發生，從而改善生活質量和延長存活時間。
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