妊娠與甲減臨床甲減患者生育能力減低。妊娠期母體甲減與妊娠高血壓、胎盤剝離、自發性流產、胎兒窘迫、早產以及低出生體重兒的發生有關。一項40年的回顧性調查顯示，正常對照組和臨床甲減組的發病率：妊娠高血壓分別為3.8％，11.6％；自然流產分別為3.3％，8.0％；早產分別為3.4％，9.3％；圍產期胎兒死亡率分別為0.9％，8.1％；低出生體重兒分別為6.8％，22％。亞臨床甲減的妊娠併發症尚無足夠的臨床資料。
近年來，妊娠早期母體亞臨床甲減對胎兒腦發育第一階段的影響備受關注。在胎兒甲狀腺功能完全建立之前（即妊娠20周以前），胎兒腦發育所需的甲狀腺激素全部來源於母體，母體的甲狀腺激素缺乏可以導致後代的神經智力發育障礙。美國學者Haddow等首次發現：妊娠17周患亞臨床甲減的母親，未給予左甲狀腺素治療組母親的7-9歲後代的智商（IQ）較正常對照組母親後代降低7分。而給與L-T4治療組的後代智商與正常對照組後代沒有區別。
妊娠期間由於受多種因素的影響，TSH和甲狀腺激素的參考範圍與普通人群不同。目前尚沒有孕期特異性的TSH參考範圍。一般認為在妊娠早期TSH參考範圍應該低於非妊娠人群30-50％。目前國際上部分學者提出2.5mU/L作為妊娠早期TSH正常範圍的上限，超過這個上限可以診斷為妊娠期亞臨床甲減。由於FT4波動較大，國際上推薦應用TT4評估孕婦的甲狀腺功能。妊娠期間TT4 濃度增加，大約為非妊娠時的1.5倍。如妊娠期間TSH正常（0.3-2.5mU/L）、僅TT4低於100nmol/L（7.8μg/dL），可以診斷為低T4血癥。胎兒的初期腦發育直接依賴於母體迴圈的T4水平，而不依賴T3水平。
治療： 妊娠前已經確診的甲減，需要調整L-T4劑量，使血清TSH達到正常值範圍內，再考慮懷孕。妊娠期間，L-T4替代劑量通常較非妊娠狀態時增加30％-50％。既往無甲減病史，妊娠期間診斷為甲減，應立即進行L-T4治療，目的是使血清TSH儘快達到妊娠時特異性正常值範圍。國外部分學者提出這個範圍應當是0.3-2.5mU/L。達標的時間越早越好（最好在妊娠8周之內）。每2-4周測定一次TSH、FT4、TT4，根據監測結果，調整L-T4劑量。TSH達標以後，每6-8周監測一次TSH、FT4和TT4。對於亞臨床甲減、低T4血癥和TPOAb陽性孕婦的干預的前瞻性研究正在數個國家進行，目前尚無一致的治療意見。
上述的三個學會（ATA、AACE、TES）主張對妊娠婦女做TSH常規篩查，以及時發現和治療臨床甲減和亞臨床甲減。育齡婦女的亞甲減的患病率在5％左右。一些學者主張對可能患甲減的高危人群做妊娠前的篩查。甲減的高危人群包括： 具有甲狀腺疾病個人史和家族史者；具有甲狀腺腫和甲狀腺手術切除和131I治療史者；有自身免疫性疾病個人史和家族史者，例如系統性紅斑狼瘡、類風溼關節炎、1型糖尿病、既往發現血清TSH增高或者血清甲狀腺自身抗體陽性者等。要加強對已患甲減的育齡婦女進行有關甲減對妊娠和胎兒腦發育影響方面的教育。
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