一般認為，GIST為潛在惡性的腫瘤，雖然手術是原發可切除GIST的首選治療，但在靶向藥物伊馬替尼未進入臨床應用前，GIST患者在病灶完整切除後的5年生存率僅為50％左右，不完整切除的患者5年生存率不足10％。
根據現有的臨床研究結果，目前推薦中、高危復發風險的患者手術後應接受靶向藥物伊馬替尼的輔助治療。在治療時間方面，目前推薦中危患者術後輔助伊馬替尼治療2年，高危患者輔助治療3年。但臨床上觀察到，對於高危患者，即使術後伊馬替尼輔助治療滿3年，停藥半年以後仍有患者復發。美國一項研究正在探索術後連續口服伊馬替尼（400mg/d）5年的療效。另外，有研究顯示，不同基因突變型別患者對伊馬替尼輔助治療的療效不同，建議對CD117表達陰性的患者進行基因檢測。
目前，術後伊馬替尼輔助治療的劑量推薦是400mg，每天1次。對於何時開始輔助治療，歐美學者與國內學者的意見分歧較大，歐美學者認為手術後應儘早開始服藥。國內一般推薦等患者可以正常進食後開始，胃大部分切除患者一般於術後10―14天，結腸、小腸腸段切除患者於術後5―7天開始服藥。
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