目前，治療甲亢主要有三種方法，包括內科抗甲狀腺藥物(ATD)治療、核醫學科131I治療、外科手術治療。
內科ATD治療有效而且比較溫和，治療過程中能及時調整藥量。缺點是治療時程長，通常需規範服藥治療1-2年;治療期間，ATD可能會引起肝、腎功能及造血系統的損害，在治療期間需要經常化驗檢查，如果一旦發生，則要求停藥。另外，ATD治療的缺點是停藥或減量時甲亢易復發，有報道ATD治療的複發率在40％-60％左右。
131I治療方法簡便，通常僅服用一次131I，甲亢症狀在治療後1月左右開始見效、好轉，大部分在服藥後3月後達到臨床治癒，半年時可達90％。131I治療不會引起肝、腎功能及造血功能的損害。因此適於那些由於ATD治療引起肝、腎功能異常或血細胞降低的甲亢病人的治療。有些131I治療半年後症狀無明顯改善或緩解不全的病人，可再次進行131I復治。131I治療的一個主要併發症是甲減，研究顯示，131I治療後一年內發生的甲減(早期甲減)通過甲狀腺激素替代治療後，大部分人可恢復正常;但131I治療一年後出現的甲減(晚期甲減)往往需要較長時間調理或終生甲狀腺激素替代治療。
手術治療通常採用甲狀腺次全切除術治療甲亢，其緩解甲亢症狀迅速，適於甲亢伴有結節的病人，主要不足是有創傷，其治療效果與手術醫生的臨床經驗有關;個別情況下可能造成喉返神經受損、甲狀旁腺功能低下等手術併發症。術後仍有部分病人甲亢復發或出現甲減。
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