肛門瘻管發生的真正原因是起源於肛腺感染。肛腺一般開口在肛門直腸交界的肛竇處，大部分都向外經過肛門括約肌深入到肛周間隙內，一旦發生感染就會在肛門周圍形成膿腫，這樣的膿腫破潰後都會形成肛瘻。
當然也有的肛瘻患者不一定有肛周膿腫，這是因為是慢性感染的原因，不被患者發覺。所以肛瘻大部分都會有一個外口、一個內口和一個管道組成，可以反覆感染反覆形成膿腫-瘻管-膿腫過程。嚴重者感染可以通過肛周間隙穿透到對側或更深的位置，這樣就形成了高位肛瘻或複雜肛瘻。
肛瘻必須經過手術治療才能痊癒。但是以往的手術方式有很大的缺陷，一般都是採取切開或切除術式才能將瘻管切除乾淨。這樣手術勢必要切斷或部分肛門括約肌，對於高位肛瘻有可能要切斷提肛肌，這樣會造成肛門失禁或肛門功能受到損害。對於高位肛瘻手術目前被公認為普外科三大世界難題。
美國曾經有文章提到肛門括約肌的損傷有48％的患者手術後會有肛門功能不全，比如術後溢便，不能很好識別氣體和稀便等。這類手術後還會出現肛門的缺損，也是術後肛門功能不全的原因。一旦手術後發生肛門功能障礙，就無法再手術修復，因而成為肛瘻治療的一個遺憾。這種手術還會有一個缺點那就是，一旦手術沒有切除到瘻管內口，這樣手術後很容易復發，所以醫生在切除時容易將創面擴大，更容易造成肛門損傷。
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