其治療原則是根據便祕輕重、病因和型別，進行綜合治療，恢復正常的排便習慣和排便生理。
1、一般治療
加強排便的生理教育，建立合理的飲食習慣（如增加膳食纖維含量，增加飲水量）及堅持良好的排便習慣，同時應增加活動。
2、藥物治療
選用適當的通便藥物。選擇藥物應以少有毒、副作用及藥物依賴為原則，常選用的如膨鬆劑（如麥麩、歐車前等）和滲透性通便劑（如福鬆、杜祕克）。應用福鬆治療功能性便祕的隨機對照觀察顯示，對增加排便次數和改善糞便性狀療效均稱好。對慢傳輸型便祕，還可加用促動力劑，如西沙必利或莫沙必利等。
需要注意的是，對慢性便祕患者，應避免長期應用或濫用刺激性瀉劑。多種中成藥具有通便作用，但需注意長期服用中成藥治療慢性便祕時，應注意其內的成分及其副作用。
對糞便嵌塞的患者，清潔灌腸一次或結合短期使用刺激性瀉劑以解除嵌塞。解除後，再選用膨鬆劑或滲透性藥物，保持排便通暢。開塞露和甘油栓有軟化糞便和刺激排便的作用。複方角菜脂酸能對治療痔源性便祕有效。
3、心理療法與生物反饋
中、重度的便祕患者常有焦慮甚至抑鬱等心理因素或障礙的表現，應予以認知治療，使患者消除緊張情緒。生物反饋療法適用於功能性出口梗阻型便祕。
4、外科治療
如經嚴格的非手術治療後仍收效不大，且各種特殊檢查顯示有明確的病理解剖和確鑿的功能性異常部位，可考慮手術治療。外科手術的適應證包括繼發性巨結腸、部分結腸冗長、結腸無力、重度的直腸前膨出症、直腸內套疊、直腸粘膜內脫垂等。但應注意有無嚴重的心理障礙，有無結腸以外的消化道異常，術前需要進行預測療效。
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