診斷檢查：
一、輔助檢查
1、外周血白細胞計數正常或偏低，有時白細胞可以升高。
2、腦嵴液檢查腦嵴液壓力增高，外觀多清亮，白細胞總數增加，多在300×10^6/L以下，以淋巴細胞為主。病毒性腦炎的檢查下少數患兒腦嵴液白細胞總數可正常。病毒性腦炎患兒腦嵴液蛋白質大多輕度增高或正常，糖和氯化物無明顯改變。塗片或細菌培養均陰性。
3、病毒病原學診斷
目前有關病毒性腦炎的病原學檢查主要有：
①病毒分離：對於不同的病毒可以從不同標本中進行病毒分離，提供病原學證據，具有病毒性腦炎的確診價值。如腦嵴液(腸道病毒、單純皰疹病毒、腮腺炎病毒)、唾液、糞便(嵴髓灰質炎病毒、輪狀病毒)、尿、皮損等。
②血清學檢測：包括酶聯免疫方法、免疫熒光法等，用於病毒鑑定、病毒抗原檢測、特異性病毒抗體(IgM或IgG)檢測。
③分子生物學方法：常用的有聚合酶鏈反應(PCR)、實時PCR及生物晶片技術等，可從患兒腦組織和腦嵴液中檢出病毒DNA序列，從而確定病原。
4、腦電圖
主要表現為高幅慢波，多呈瀰漫性分佈，可有癇樣放電，對病毒性腦炎的診斷有參考價值。但腦電圖表現無特異性，不能判斷病原。腦電圖正常不能完全排除腦炎。
5、影像學檢查主要用於評估中樞神經系統受損的程度，MRI優於CT.在嚴重病例中，CT和MRI均可顯示炎性病灶形成的大小不等、界限不清、不規則低密度或高密度影，輕症可無明顯異常改變。
二、診斷
病毒性腦炎的診斷主要根據病史、臨床表現、腦嵴液檢查和病原學鑑定。
鑑別診斷：
病毒性腦炎在臨床上應注意和下列疾病進行鑑別：
1、化膿性腦膜炎
化膿性腦膜炎若未經過正規治療時，其腦嵴液改變可以與病毒性腦炎相似，應結合病史、治療經過以及病原學檢查進行鑑別。
2、結核性腦膜炎
嬰幼兒結核性腦膜炎往往急性起病，且腦嵴液細胞總數及分類與病毒性腦炎相似，需要進行鑑別。結核性腦膜炎可有結核接觸史，腦嵴液糖和氯化物均低，伴有其他部位的結核感染，結合結核菌純蛋白衍生物(PPD)試驗和血沉等，可以鑑別。
3、真菌性腦膜炎
起病往往較慢，病程長，顱內壓增高明顯，頭痛劇烈，腦嵴液墨汁染色可鑑別。
4、其他
須與顱內非炎症性疾病(腦血管疾病、腫瘤、變性病)及中毒性腦病、Reye綜合徵或腦膿腫相鑑別。
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