在結腸的內面，相當於結腸袋間的橫溝處，環行肌增厚，腸粘膜皺摺成結腸半月襞。結腸袋消失是粘膜肌層麻痺之故。潰瘍性結腸炎早期X線表現為結腸袋消失。什麼原因會引起結腸袋半月襞消失呢？
一些資料表明，潰瘍性結腸炎與遺傳因素密切相關。種族差異表現在白種人的發病率明顯高於黑種人，亞洲人的發病率最低。其中白種人的猶太人發病率比非猶太人高2～4倍，而在有色人種大約少50％。單卵雙生雙胞胎髮病率比雙卵雙生者高。同時有作者報告在潰瘍性結腸炎患者的組織相關抗原HLA-DR2較正常人增多。日本學者近來報告在潰瘍性結腸炎患者體內發現了與之有關的特異基因表現型P-ANCA(peinuclearantineutrophilcytoplasmicantibody)明顯高於正常人群。
精神因素在潰瘍性結腸炎發病中的作用可能與精神障礙引起自主神經功能失調，導致腸壁炎症及潰瘍形成有關。但有作者將潰瘍性結腸炎患者與正常人群進行對照研究發現在疾病發作時並沒有明顯的精神誘因。相反，因潰瘍性結腸炎而行結腸切除術後，病人原有的精神上的病態如抑鬱症、焦慮、緊張多疑等症狀有顯著改善。似乎說明精神因素不是引起本病的原因，更像是本病引起的後果。
已經證明某些細菌和病毒在潰瘍性結腸炎的發病過程中起重要作用。因本病的病理變化和臨床表現與細菌痢疾非常相似，某些病例糞便中培養出細菌，部分病例應用抗生素治療有效，似乎提示細菌性感染與本病有關。1973年Fakmer從6例潰瘍性結腸炎中培養出鉅細胞病毒(cytomegalovirus，CMV)，1977年Cooper也從中毒性結腸擴張病人體內分離出鉅細胞病毒。近年來的有些研究發現結核分枝桿菌(mycobacteriumparatuberculosis)、副黏液病毒(麻疹病毒paramyxovirus)、單核細胞增多性利斯特菌(Listeriamoncytogenes)等也可能與潰瘍性結腸炎及克羅恩病的發病有關。因此提出某些細菌或病毒可能在潰瘍性結腸炎的發病過程中起重要作用。但究竟哪種病原體感染引起本病，感染性病原體是本病的原因還是結果還需要進一步的研究才能確定。
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