當患者懷疑自己或醫生懷疑求診者由乙肝轉變為肝癌時，就需要做一些輔助檢查。一般常規檢查專案有CT、B超、磁共振等影像學檢查及血清學化驗檢查。
與肝癌診療相關的血清學化驗檢查主要是檢測腫瘤標誌物甲胎蛋白（AFP），其他的檢測還有鐵蛋白（Fer）、血清酶（γ-GT及同工酶、鹼性磷酸酶及同工酶、丙酮酸激酶及同工酶等）。
臨床常用甲胎蛋白作為肝細胞癌和生殖細胞癌（非精原細胞癌）的檢測和肝癌高危人群的監測。
原發性肝癌有70％～90％的患者甲胎蛋白增高，並且血清甲胎蛋白值的水平與腫瘤大小呈相關性。
在肝癌診斷方面，一般以400μg/ml作為原發性肝癌的診斷臨界值，但一部分原發性肝癌病人甲胎蛋白也在正常範圍內。
一般認為，甲胎蛋白的含量與腫瘤的分化程度有關。
因此，臨床檢測甲胎蛋白值對於病情的估計和治療效果的評價有一定意義。
甲胎蛋白雖然對早期肝癌診斷是較好的指標，但臨床意義還有限。
有一些肝癌患者血清甲胎蛋白濃度持續在20～200μg/ml，對做出早期診斷有一定困難。
由於肝癌患者中有30％～40％血清甲胎蛋白檢測為陰性，所以其他的標記物對甲胎蛋白陰性的肝癌患者也有一定參考價值，如血清生化肝功指標γ-谷氨醯轉移酶（r-GT）在活動性肝癌病人血清中顯著升高。
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