1、由於亞急性甲狀腺炎發病早期常伴有感冒等上呼吸道感染的症狀，繼而出現發熱、頸前疼痛、咽痛、吞嚥加重等，因此易被誤診為上感或咽炎，進而給予抗菌素治療導致延誤病情。因此對發熱有頸咽部疼痛患者要考慮亞甲炎的可能性，進行甲狀腺相關檢查。
2、由於亞急性甲狀腺炎發病過程中因甲狀腺組織被破壞，甲狀腺激素大量釋放入血致T3、T4升高，從而出現心慌、怕熱等甲亢症狀，因此容易被誤診為甲亢而予大量抗甲狀腺藥物、甚至手術造成誤治。
3、亞急性甲狀腺炎發作時T3、T4會有升高的現象，而甲狀腺吸碘率反而降低出現二者分離現象，可與甲亢相鑑別。另外從起病急緩、病程長短、有無伴發突眼等也可做出鑑別。
4、一般亞急性甲狀腺炎起病較急，且伴有發熱的現象。初期還會伴有心慌、怕熱、多汗等甲亢的表現，若病情嚴重的話，少數病人後期會出現甲減的症狀，因此易被誤診。
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