與許多外科手術一樣，不同的外科醫生在人工耳蝸植入手術中也採取不同的技巧和進路。但決定人工耳蝸術式仍有些基本原則。
①儘可能將電極無創地插入到鼓階中；
②將裝置安放在頭外側，並避免日後的創傷；
③確保裝置和電極陣列位置牢固，防止移位。目的是保全周圍組織，在不損傷裝置和電極陣列，不引起感染，外觀可以接受的條件下完成植入手術。
一般說來，植入裝置的物理和結構特徵的改進決定了外科手術技巧的改進。兒童和成人的外科手術技術基本相同，幼兒（12個月以上）手術風險和禁忌並未增加，但也需要針對頭顱大小做一些調整。對於特殊病例，如Mondini畸形（耳蝸畸形）或腦膜炎伴發耳蝸骨化引起的聽力損失，可能需要改變或調整外科手術技術。外科手術醫師可以選擇特定的技術，最大可能地實現電極陣列的全部植入，或者使用專為嚴重骨化耳蝸而設計的特殊電極陣列，這取決於骨化的程度。
人工耳蝸手術在全麻下完成，一般歷時1~2個小時，國外通常手術後僅在醫院住一個晚上。但我國術後住院的時間會長一些。
儘管和人工耳蝸相關的併發症很少，但在術中和術後的恢復期仍有一定風險。對於任何手術，全麻總是有一定風險的，存在手術後即刻出血或感染的可能性，但這兩類併發症都十分罕見。其他一些併發症都是與耳外科相關的，它們包括面神經損傷和術後眩暈。植入體到內耳的進路需要通過面隱窩，這使得外科手術醫師的操作離面神經非常近，但許多其他型別的耳科手術都採用此進路，損傷神經的風險很小。
對於那些內耳存在解剖畸形的患者，如Mondini畸形，面神經損傷的風險會大一些。儘管內耳畸形的患者潛在存在嚴重併發症的可能，但發生腦膜炎的很少。
耳的前庭部分掌管平衡機制，當殘餘聽力幾乎全部喪失時，它仍有可能保持功能，這樣，為植入電極而進行的內耳開窗就會引起暫時的不平衡。儘管一些成人和兒童報告術後站立不穩頭暈噁心等，但通常都會很快消失，而且也很少出現。
除了與手術及愈後相關的風險和併發症之外，還有一些遠期風險。雖然人工耳蝸的設計是可靠的，使用壽命是終身的，但仍有不到2％的患者的植入裝置出現了後續損壞。壞損可表現為聽力狀況變差或完全沒有聽覺刺激。壞損一旦通過聽力學及心理物理學測量的確認以及專家多方意見的綜合考慮，就應該重新植入。有文獻資料顯示，重新植入後的結果往往與重新植入前的效果相當或更好，也有一些重新植入後效果變差的報道，但似乎都與結構異常或其他一些複雜因素有關。
還有一種併發症是植入裝置隨著時間逐漸地移位或被擠出，嚴重到一定程度也需要重新植入。儘管很少發生過度移位，只移出幾個電極對聽力效果的影響不大，但通過手術技術手段固定內部裝置就可以防止移位的發生。
最後一種可能是併發症是面神經刺激。這是最常發生在耳硬化聽障者或解剖關係容易使面神經受到電刺激的患者身上。但是引起問題的電極通常可以被關閉掉，所以只會帶來很小或幾乎沒有的負面影響。
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