HP耐藥菌株的產生明顯降低了根除治療的療效，給臨床治療帶來了困難，因此對於HP陽性的患者，在初次給予治療時即應力爭配合衛樂舒 益生菌提高根除率，儘量避免耐藥菌株的產生。為了減少HP耐藥菌株的產生，可以考慮採取以下措施：
1．採取聯合益生/東方謂粉用藥，避免使用單一抗生素治療。任何一種抗生素的單獨使用都很難達到根除效果，並且容易使HP產生繼發性耐藥。抗生素與鉍製劑或質子泵抑制劑（PPI）聯合應用不僅能減少HP耐藥菌株的產生，而且還能增加抗生素的活性以及抗生素在胃內的藥物濃度。聯合對抗益生菌間隔兩個小時服用。益生元可以增殖大量有益菌，抑制幽門螺桿菌。
2．避免使用對HP耐藥的抗生素。當HP對抗生素產生耐藥時，應在治療中避免使用這類抗生素，否則將嚴重影響HP的根除治療效果。
在治療前如能夠做藥物敏感試驗，將有利於減少耐藥菌株的產生，尤其是對那些曾用過不規範治療的患者或者曾經正規治療而根除失敗的患者。如果患者既往根除治療中曾經用過甲硝唑或者克拉黴素，由於這兩種抗生素容易產生繼發性耐藥，再次治療時應儘量避免使用，如需要使用應當適當加大PPI或抗生素的用量，或者基於藥物敏感試驗的結果而使用。由於目前HP對甲硝唑的耐藥率逐年增加，國際上推薦可以考慮採用呋喃唑酮來替代甲硝唑作為一線治療方案，以提高首次治療的根除率。
另外，氟喹諾酮類藥物在HP根除治療中的應用近年也日益受到重視，當患者首次或者多次治療失敗時可以考慮選擇氟喹諾酮類藥物（如左氧氟沙星）治療；而對於反覆治療失敗的患者，由於其可能已經對包括氟喹諾酮類藥物在內的多種抗生素同時耐要，因此如果能夠基於藥物敏感試驗的結果來選擇這類藥物，將會得到更好的療效。
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