肺炎是細菌、病毒等致病微生物侵入肺臟引起的炎症，引起肺炎的病因有多種病原體引起，如細茵、病毒、真茵、寄生蟲等，其他如放射線、化學、過敏因素等亦能引起肺炎。其中以病原體引起的肺炎多見。
免疫防禦機制如對吸入氣體的過濾和溼化、會厭和咳嗽反射、支氣管纖毛粘液排洩系統、體液和細胞免疫功能的作用，使氣管、支氣管和肺泡組織保持無菌狀態。免疫功能受損（如受寒、飢餓、疲勞、醉酒、昏迷、毒氣吸入、低氧血癥、肺水腫、尿毒症、營養不良、病毒感染以及應用糖皮質激素、人工氣道或者進入下唿吸道的病原菌毒力較強或數量較多時，則易發生肺炎。
1、細菌性肺炎
多種細菌均可引起肺炎，其中絕大多數為肺炎球菌，其中以Ⅲ型致病力最強。肺炎球菌為革蘭陽性球菌，有莢膜，其致病力是由於高分子多糖體的莢膜對組織的侵襲作用。少數為肺炎球菌、金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌、流感嗜血桿菌等。
（1）需氧革蘭染色陽性球菌，如肺炎球菌、金黃色葡萄球菌、甲型溶血性鏈球菌等。
（2）需氧革蘭染色陰性菌，如肺炎克雷白桿菌、流感嗜血桿菌、埃希大腸桿菌、綠膿桿菌等。
（3）厭氧桿菌如棒狀桿菌、梭形桿菌等。
2、病毒性肺炎
如腺病毒、唿吸道合胞病毒、流感病毒、 麻疹病毒、鉅細胞病毒、單純皰疹病毒等都是肺炎的發病原因。
3、支原體肺炎
由肺炎支原體引起。
4、真菌性肺炎
肺炎的發病原因如白色念珠菌、麴菌、放線菌等。
5、其他病原體所致肺炎
如立克次體(如Q熱立克次體)、衣原體(如鸚鵡熱衣原體)、弓形體(如鼠弓形體)、原蟲(如卡氐肺孢子蟲)、寄生蟲(如肺包蟲、肺吸蟲、肺血吸蟲)等。機體免疫力低下者(如艾滋病患者)容易伴發肺部卡氏肺包子蟲、軍團菌、鳥形分支桿菌、結核菌、弓形體等感染。
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