肝囊腫是一種大多為先天因素引起的良性病變，生長緩慢，大多無臨床症狀，體檢時偶然發現，大多數不需要治療，定期彩超或CT觀察即可。目前也沒有一種藥物能夠預防及治療肝囊腫，如果肝囊腫巨大，囊腫繼發感染或出血，囊腫扭轉時就要進行手術治療，治療方法主要有兩種：
1、小的肝囊腫可以施行肝穿刺抽取液體，即在B超引導下，用細針將囊腫內的液體抽出，然後再注入酒精，破壞囊腫上皮細胞，使其不再產生水，囊腫也就不會長大了。
2、大的肝囊腫可以施行肝囊腫“揭頂”手術，即在吸淨囊液後，將大部分囊壁或所有遊離的囊壁切除，就像將房頂揭掉一樣。
此外，肝囊腫手術也可在腹腔鏡下進行囊腫引流和囊腫切除。
對於囊腫繼發感染時要積極抗感染治療，囊腫繼發出血保守治療無效時應積極手術治療。
肝左外葉巨大肝囊腫，可做肝葉或肝部分切除術。
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