經皮腎鏡手術由於是微創手術，但是也存在有風險。無論是手術者或是病人，都要有有足夠的認識。
一、出血
術中出血是最多見也是非常危險的併發症。腎臟是血迴圈豐富的器官，質地脆弱。腎臟的血管是分割槽段的，腎動脈分為前後二組，中間有一個無血管區稱Brodel線，前組為尖、上、中、下。
因此手術過程中要避免損傷這些大的血管，儘量選擇的穿刺位置位於Brodel線附近，穿刺不要太深，最好穿至腎盞穹隆處，在手術穿刺過程中，如果穿到稍大的血管，或者手術時間過長，都會引起出血量過大。穿刺部位的選擇要綜合考慮，要選用最少的穿刺通道，能取得最好的效果，能把結石最乾淨，取石最快，對腎的損傷最小，主樣出血也少。同時，穿刺的位置還要最大限度不損傷或少損傷周圍器官。防止出血的方法：一是術前做充分的準備，備血，術前的血液學檢查，對有貧血，出凝血功能異常的病人做為手術的禁忌。二是手術儘量減少穿刺數量，儘量選擇穿刺部位在腎的背側或血管少年部位。三是儘量減少手術時間，必要時候可以分次手術分次取石。四是術後可以臨時地夾閉腎引流管，達到止血的目的。五是術中儘量不要大幅度地活動或擺動鏡體，因為這樣會撕裂腎實質引起出血。六是術中隨時注意病人狀態和出血量，及時終止手術，必要時可以二期手術取石。術中如果發現有大的血管穿破，要採取合適的措施，或改為開放手術或利用介入手術方法，止血治療以免貽誤手術時機。
在手術穿刺時，如果腎的實質較厚，或穿刺後鏡體活動度過大，就會發現充洗液色重，或穿刺通道有鮮紅色血液流出，這時，要根據病人情況，要不就終止手術，要不可以用鏡殼壓迫達到止血目的。如果是靜脈或腎實質撕裂，出血不會很凶，終止手術後區域性壓迫，夾閉引流管後，一般可以止血。如果是動脈或大的血管出血，就應介入治療，高選擇性腎血管拴塞術。
二、腎盂的裂傷
腎盂的裂傷是由於在穿刺過程中的損傷，也可以是碎石過程中彈道鐳射或超聲造成的損傷。病人如果由於區域性的炎症或以往有過手術病史，區域性組織脆弱，也容易造成損傷。在多數情況下，只要保證引流通暢，這些損傷都可以恢復。
三、水中毒
經皮腎鏡手術過程中，要應用大量的生理鹽水沖洗，以保持術野清晰。如果手術時間過長或沖洗液的壓力過大，病人吸收的水量過大，就會造成水中毒。由於病人一般採用全身麻醉，臨床表現不明顯，主要表現為心率快，後期為心率不齊，血壓波動，體溫過低等。因些手術時間過長的病人，醫生應有清醒的認識。同時由於鹽水的吸收過多，增加了心臟的負擔，對於有心血管病史的病人，要特別注意心血管方面的表現防止心衰的發生。對於手術時間長，有腎實質損傷及腎盂裂傷的病人，要注意沖洗液的壓力。
四、術中損傷周圍有器官
經皮腎鏡手術過程中，無論是穿刺過程或是取石過程中，都有可能損傷周圍的器官，如損傷胸膜、腸管、腹膜、重要的血管、輸尿管等。因此在腎穿刺建立操作通道過程中，不但要注意穿刺方向，更要隨時注意穿刺的深度的掌控――寧淺勿深，操作輕巧精細，操作中要對隨時出現有情況做出準確的判斷。如圖所見，腎周圍器官：
左側腎外上方是脾，外下方是降結腸，前內方是胃，腎蒂前方是胰尾。右側腎外方是肝，內前方是十二指腸降部，外前下方是升結腸，而在雙側腎的後方，器官較少，腎上極有膈緊附其上。所有這些器官都有損傷的危險。
1、胸膜損傷：對於經十一肋間穿刺的病人，此穿刺點的優點是穿刺角度好，距離近，在B超引導的穿刺過程中，十一肋間的超聲影象清晰，容易接近結石，但是更容易損傷胸膜。因此要注意術野中的表現及術中通道中否有氣體溢位異常表現，必要時要做胸腔閉式引流。
2、腸管的損傷：在穿刺過程中，要選擇直接的通道，避免穿刺通道經過腹腔或胸腔從而損傷臟器。術中隨時注意所操作的區域的變化，要隨時排除有其它器官的損傷，必要時應改為開放手術。
3、輸尿管損傷：經皮腎鏡手術過程中無論是在行輸尿管插管輸尿管碎石或在腎鏡碎石過程中，都有損傷輸尿管的可能。在輸尿管插管過程中，對於輸尿管口不清楚，管口異位時，操作切忌粗暴，首先努力尋找輸尿管口，並插入導絲再進輸尿管鏡。進入導絲後在進鏡過程中，要多方向調整輸尿管鏡方向輕柔進鏡防止損傷輸尿管口，輕者造成輸尿管口的裂傷挫傷，重者進鏡失敗。經常出現輸尿管口難以辨認不能插入的情況，要耐心尋找，可以排空或充盈膀胱，沿輸尿管間脊尋找，或先找對側管口，輸尿管口多位於膀胱三角部位血管豐富的區域，調整輸尿管鏡與管口的距離，管口經常位於輸尿管裂隙的外上側，可以沿管口的肌纖維尋找，必要時，可以更換膀胱鏡觀察，或靜脈注射美蘭，可以觀察有蘭色尿液流出的地方尋找管口。在輸尿鏡進入輸尿管過程中，要始終保持直視下進鏡，活動進鏡，始終保持導絲為先導，切忌粗暴，注意前進過程中的阻力情況，不斷旋轉鏡體保持視野清晰。在輸尿管碎石過程中、由於輸尿管管壁薄加之炎症水腫充血等原因，很容易造成管壁的破損，輕者挫傷出血，重者造成輸尿管的穿孔撕裂或撕脫。小的穿孔或以放置雙J管保守治療，大的裂傷或撕脫傷，要開放手術治療。
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