儘管體外衝擊波碎石術是一項安全、有效的微創治療方法，但衝擊波在擊碎結石的過程中由於結石的震動與碎裂對腎盂黏膜和結石周圍的腎組織也會產生輕微的損傷。經過大量的臨床觀察，發現衝擊波碎石的主要併發症有：
血尿：體外衝擊波治療後，幾乎所有的病人都會出現輕重不同的血尿，尤其是腎結石患者更為常見。碎石後病人出現鏡下血尿或輕度肉眼血尿一般不需要特殊治療，只要多飲水2000ml以上，1~2天即可自然消失。血尿嚴重的病人應及時到醫院找專科醫生諮詢或處理。
膀胱刺激症：較大結石多含有細菌，當結石被粉碎後細菌突然在尿液中的濃度增加而引起感染;同時，由於結石沙粒在輸尿管狹窄部位的堆積、阻塞，尿液排出不暢，給細菌提供了滋生的環境，是引發尿頻尿急尿痛的重要原因。因此，要求在應在碎石術後給予抗生素治療，預防和控制術後感染。
腎絞痛：碎石後發生腎、輸尿管絞痛較為常見，這是由於對體積較大、質地堅硬的結石，一次很難將其全部碎成沙粒，當有較大的結石碎塊堵塞輸尿管時就會產生絞痛症狀。一般不需要特別處理，給予解痙、鎮痛藥物對症治療後，多數病人症狀能夠緩解。
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