經十二指腸鏡(ERCP)取石目前是治療膽總管結石的首選方法：像做胃鏡一樣，將電子十二指腸鏡從口腔插入，通過食管、胃、十二指腸到達十二指腸乳頭部(膽胰管向十二指腸開口)後，先造影以便準確診斷，然後根據結石大小等情況進行治療：對於<1cm結石可先將乳頭括約肌切開或乳頭擴張後用網籃取石，在X線監視下將網籃伸過結石，張開網籃，抓取結石後取出，放入小腸後讓結石隨大便排出;對較小的結石或用碎石器粉碎的小結石，往往用網籃難以套取，此時可用取石氣囊取出結石;對>1cm的膽總管結石，須採用碎石網籃，操作過程類似網籃取石，抓住結石後將其粉碎，變成小結石後再經取石網籃或取石球囊取出;巨大結石碎石取石困難時，有以下情況者：
①老年或其他手術風險大、不宜手術者；
②不宜十二指腸乳頭切開或內鏡取石不成功者，可以經內鏡置支架(ERBD)治療膽管結石。
如果患者曾行上消化道，如胃的手術等情況，不適宜行經十二指腸鏡(ERCP)治療，可以行腹腔鏡下或傳統開腹的膽總管切開取石術及膽腸吻合術等手術治療。
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