泌尿系統結石對於泌尿系統的危害主要為梗阻、感染和損傷。單側泌尿系統的梗阻可引起腎積水，長期發展導致腎盂腎盞擴大，最後腎皮質萎縮成一個水囊而失去功能。雙側梗阻則可引起尿毒症。而結石合併感染可引起結石性腎盂腎炎、腎積膿、腎周圍炎、腎周圍膿腫，最終完全毀壞腎實質。結石、梗阻和感染三者互為困果，形成惡性迴圈，即結石引起梗阻，梗阻引起感染，感染又導致結石。除此之外，結石還可直接引起腎臟和膀胱的損傷，通過對粘膜的長期刺激可能引起鱗狀上皮癌，如腎盂癌、膀胱癌等。
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