妊娠期常出現甲狀腺疾病。甲狀腺素水平過高常常由甲狀腺功能亢進或甲狀腺炎引起(見甲狀腺疾病)。甲狀腺功能亢進是由一種抗體刺激甲狀腺，產生過多的甲狀腺素引起。這些抗體可以通過胎盤，促進胎兒甲狀腺的活性，引起胎兒心率加快(每分鐘160次以上)，生長減慢。有時，甲狀腺功能亢進可以產生抗體，阻止甲狀腺素的產生。這些抗體可以通過胎盤抑制胎兒產生足夠的甲狀腺素，甲狀腺素過低導致胎兒精神發育遲緩，稱之為克汀病。
甲狀腺功能亢進的治療方法很多。一般服用最低有效劑量的抗甲狀腺藥物。用藥時要進行仔細的監護，因為這種藥物可通過胎盤，阻止胎兒產生足夠量的甲狀腺素。甲狀腺功能亢進在妊娠的最後三個月有所好轉，這時，抗甲狀腺藥的劑量可以減少或完全停用。有經驗的甲狀腺外科醫生可以在妊娠中期(妊娠第4～6個月)切除甲狀腺，但該孕婦術後24小時必須開始服用甲狀腺素，並終身用藥。甲狀腺素的用量只夠代替正常甲狀腺產生的量。因此，不會引起胎兒其他問題。
甲狀腺炎是甲狀腺的一種炎症，甲狀腺輕度腫大。妊娠期由於甲狀腺素水平暫時性升高，也可引起一些暫時性的症狀。通常不需要治療。分娩後的頭幾周，可以突然發生一種無痛性的甲狀腺炎，伴甲狀腺素產生暫時增加。這種症狀可以持續或者加重，有時反覆出現甲狀腺素短暫升高。
妊娠期引起甲狀腺素水平降低的最常見疾病之一是橋本甲狀腺炎(見甲狀腺疾病)，常常由一種阻止產生甲狀腺素的抗體引起。其治療類似於甲狀腺功能亢進。有時在孕期橋本甲狀腺炎的病程可暫時改善。但甲狀腺素水平過低的孕婦應補充口服甲狀腺素。幾周後測定甲狀腺素水平，以便調整用藥劑量。隨著妊娠進展也需要調整劑量。
在分娩後頭6個月內，有4％～7％的婦女發生甲狀腺功能障礙。這些婦女常有甲狀腺疾病的家族史、糖尿病或者她早就有甲狀腺疾病，如甲狀腺腫大或橋本甲狀腺炎，這些疾病都特別容易發生產後甲狀腺功能低下。妊娠後出現的甲狀腺水平過低或過高是暫時性的，但需要治療。
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